版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载。python版本为python3,实例都是经过实际验证。 https://cloud.tencent.com/developer/article/1436610
系统版本:centos 7.5(core 4.4-lt)
Software | Version | Software | Version |
---|---|---|---|
AFNI | 18.3.11 | FSL | 6.0.0 |
Freesurfer | 6.0 | Matlab | 2017b |
fMRIPrep | 1.2.5 | Python3 | 3.7 |
系统默认python版本是python3.7.1,如果需要使默认版本变为python2,在.bashrc文件中修改关于python3的环境变量注释掉,将下面代码
# python3
export PATH=/usr/python3/bin:$PATH
变成如下便可:
# python3
# export PATH=/usr/python3/bin:$PATH
git clone git@github.com:edickie/ciftify.git # 使用ssh
git clone https://github.com/edickie/ciftify.git #使用https
需要注意的是,第一次使用第一种需要自己配置rsa,方法见:https://cloud.tencent.com/developer/article/1434980 中的3
如果不想配置rsa,则直接使用第二种,在clone的时候需要在github上选对链接种类,见下图。
# nodejs
export NODE_JS=/usr/local/nodejs
export NPM=$NODE_JS/lib/node_modules/npm/bin/
export PATH=$PATH:$NODE_JS/bin/:$NPM
# afni
export PATH=$PATH:/usr/local/afni
# ANTs
export ANTS_DIR=/usr/local/ants/
export PATH=$PATH:$ANTS_DIR/bin
# C3D
export C3D=/usr/local/c3d/bin
export PATH=$C3D:$PATH
# ica-aroma
export ICA_AROMA=/usr/local/ica-aroma
export PATH=$PATH:$ICA_AROMA
# freesurfer
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
FS_FREESURFERENV_NO_OUTPUT=1
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
export FS_LICENCE=$FREESURFER_HOME/license.txt
# FSL
export FSLDIR=/usr/local/fsl
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
export PATH=$PATH:$FSLDIR/bin
#python3
export PYTHON3_HOME=/usr/python3/bin
export PIP_HOME=/usr/python3/lib/python3.6/site-packages
export PATH=$PYTHON3_HOME:$PIP_HOME:$PATH
使用命令:
fmriprep data_dir work_dir participant
data_dir 是数据目录,符合BIDS
work_dir 是输出目录,需要很大的空间