首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
社区首页 >专栏 >STRING网站+Cytoscape软件制作精美蛋白互作网络图(PPI)

STRING网站+Cytoscape软件制作精美蛋白互作网络图(PPI)

作者头像
百味科研芝士
发布2019-05-29 00:22:46
41.9K2
发布2019-05-29 00:22:46
举报
文章被收录于专栏:百味科研芝士百味科研芝士

点击蓝字关注我们

之前小编为大家推送了利用DAVID网站进行差异基因的GO和KEGG分析,而基因功能注释后就可以寻找蛋白表达之间的关系了,在生信分析中,常常会使用STRING网站+Cytoscape软件来制作蛋白互作网络图(PPI)。今天小编奉上一部PPI制作教程,让我们一起细细咀嚼吧!

首先我们进入STRING网站的官网(网址为https://string-db.org/),界面很简单明了,左侧一栏是网站的输入方式,右侧一栏是我们的蛋白输入框。通常我们在做PPI时选择输入方式是“Multiple proteins”,即多个蛋白的输入。

选择好蛋白的输入方式后,输入一列差异基因,STRING网站对基因的限制条件是不超过2000个基因,格式也是每行一个基因名(或者说是蛋白名字吧,总之就是差异基因所表达的蛋白)。简而言之,这个页面上的操作的步骤是先选择“Multiple protenins”,然后输入基因名,最后选择“Homo sapiens”。

然后点击“SEARCH”选项,千万别停下来,继续点击“CONTINUE”选项。

这样就做好了一张PPI图,但是看上去还是比较杂乱的,因此我们需要通过Cytoscape软件对PPI图进一步做美化处理。

下拉当前页面,可以看到一行菜单,Legend菜单里面是关于网络图中Nodes和Edges的注释,了解一下。

Settings菜单功能比较重要,比如我们对Edges的选择,“confidence”是通过线条的粗细来反映蛋白之间相互作用的强弱。如果我们制作的网络图比较分散,我们可以通过设置“minimum required interaction score”将conbined_score调高来调整PPI,使图形看上去更紧密。

如果我们觉得网络图上的蛋白数量较少,我们可以通过设置蛋白数量的上限,比如我们将其设置为“no more than 50 interactors”,看下效果。

明显可以发现网络图变得更加复杂,线条也更多了。

在Analysis菜单里面,我们可以查看network的一些信息,包括nodes、edges、degree、PPI富集分数的P值等,同时我们也能查看GO和KEGG功能富集信息及其他信息。

Clusters菜单,是将PPI网络进行聚类,点击APPLY。

我们可以看到,通过聚类后,蛋白通过聚类形成不同颜色的成簇分布的蛋白互作网络图。

如果我们想要在Cytoscape软件中调整网络图,直接点击“Exports”选项,下载TSV格式的文件保存。

保存好的TSV格式文件是Cytoscape软件数据的输入方式之一,当我们在STRING网站完成PPI制作之后,就可以打开Cytoscape软件了。

第一步是导入数据:File-Import -Network-file,然后选择TSV格式的文件。

数据导入完成后如下图,右边的图形是刚刚在STRING网站中的PPI导入到Cytoscape软件后的图形,看上去确实精简了不少,和原图相比只是把没有相互作用关系的蛋白去掉了,这样的图确实精简,但是看上去也还是不咋滴!

下面就开始对这幅图进行改造,我们依次点击Tools- NetworkAnalyzer-Network Analysis-Generate style from statistics。

最终会出现一个弹窗。

小编对于这个弹窗的理解是,在Cytoscape软件中Node的大小和渐变颜色由Degree来调整,Edge的粗细和渐变颜色由combined_score来调整。

点击“Apply”后出图,可以看见,这个图形简直是有了180度的变化了,像个文章中的PPI了。

此外,如果我们想要制作以某个蛋白为中心的PPI,如何去制作呢?Cytoscape提供了一套完美的解决方案。例如,我们选择IL10蛋白作为中心蛋白,首先点击该蛋白。

再点击下图标注的图标,它表示是与IL10蛋白有直接关系的Nodes,同时这些蛋白和IL10一起都被选中了。

依次点击File-New- Network-From selected nodes,all edges。

最终,一张以IL10为中心的局部PPI网络就形成了,这样的图是不是看上去能更加美观呢!

STRING网站是我们在生信分析中针对蛋白互相作用分析的一个重要工具,然而,它提供给我们的图形是十分粗犷的,但是当它结合了Cytoscape软件对PPI的美化功能后,我们的图形会出现脱胎换骨的气息!亲们,关注百味科研芝士后台回复“Cytoscape”,领走属于你的安装包吧!

多点好看,少点脱发

本文参与 腾讯云自媒体分享计划,分享自微信公众号。
原始发表:2019-05-24,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

本文分享自 百味科研芝士 微信公众号,前往查看

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

本文参与 腾讯云自媒体分享计划  ,欢迎热爱写作的你一起参与!

评论
登录后参与评论
0 条评论
热度
最新
推荐阅读
领券
问题归档专栏文章快讯文章归档关键词归档开发者手册归档开发者手册 Section 归档