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5 trim_galore去接头

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Y大宽
发布2019-06-02 14:59:19
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发布2019-06-02 14:59:19
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文章被收录于专栏:Y大宽Y大宽

目的:想一次并行运算20个样本

参考

ls SRR85182.gz | while read id;do (nohup fastqc $id &);done find SRR851819.gz|xargs fastqc -t 20

1 安装trim-galore

进入wes环境,安装trim-galore

source activate wes
conda install -c bioconda trim-galore
trim_galore --help

trim_galore本身的用法很简单,但是样本大的时候,就需要想办法根据服务器的情况进行并行处理。

2 分离_1和_2文件

(wes) pc@lab-pc:/project/raw_fq$ ls|grep _1.fastq.gz>gz1
(wes) pc@lab-pc:/project/raw_fq$ ls|grep _2.fastq.gz>gz2
(wes) pc@lab-pc:/project/raw_fq$ paste gz1 gz2>config
(wes) pc@lab-pc:/project/raw_fq$ cat config|head
SRR7696207_1.fastq.gz   SRR7696207_2.fastq.gz
SRR8517853_1.fastq.gz   SRR8517853_2.fastq.gz
SRR8517854_1.fastq.gz   SRR8517854_2.fastq.gz
SRR8517855_1.fastq.gz   SRR8517855_2.fastq.gz
SRR8517856_1.fastq.gz   SRR8517856_2.fastq.gz
SRR8517857_1.fastq.gz   SRR8517857_2.fastq.gz
SRR8517858_1.fastq.gz   SRR8517858_2.fastq.gz
SRR8517859_1.fastq.gz   SRR8517859_2.fastq.gz
SRR8517860_1.fastq.gz   SRR8517860_2.fastq.gz
SRR8517861_1.fastq.gz   SRR8517861_2.fastq.gz

2 写脚本

2.1 第一种方法trim.sh(建议的方法)

vi trim.sh

写入以下内容

dir=/home/kelly/wesproject/4_clean/
cat config |while read id
do
      arr=(${id})
      fq1=${arr[0]}
      fq2=${arr[1]}
      nohup trim_galore -q 25 --phred33 --length 36 -e 0.1 --stringency 3 --paired -o $dir $fq1 $fq2 &
done

运行即可

2.2 第2种方法

vi qc.sh

写入

#!/bin/bash 
for f1 in *_1.fastq.gz
do
f2=${f1%%_1.fastq.gz}"_2.fastq.gz"
trim_galore -q 25 --phred33 --length 36 -e 0.1 --stringency 3 --paired --fastqc -o /home/kelly/wesproject/4_clean/  $f1 $f2
done

然后会依次进行处理,但是是一个一个样本处理,这不是我想要的。 如果样本相对较少,上面这个处理方法是可以的。


备注:我在这里出了三次错

  • 1 dir=/home/kelly/wesproject/4_clean/这里是不需要''/括起来的
  • 2 dir=/home/kelly/wesproject/4_clean/最后这个/必须有
  • 3 上面这个目录必须有写权限,否则无法写入,会一直报错
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原始发表:2019.06.01 ,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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