具体实例在5 一步法找基因变异流程
samtools**markdup**操作的正确顺序
markdup
samtools sort -n -o namesort.bam example.bam
必须是-n,不能省略
-n
samtools fixmate -m namesort.bam fixmate.bam
-m不能少
-m
samtools sort -o positionsort.bam fixmate.bam
samtools markdup positionsort.bam markdup.bam
本文分享自 作者个人站点/博客 前往查看
如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
本文参与 腾讯云自媒体分享计划 ,欢迎热爱写作的你一起参与!