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RIsearch2简洁用法

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Y大宽
发布2019-06-11 17:04:51
5890
发布2019-06-11 17:04:51
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文章被收录于专栏:Y大宽

1下载安装,设置环境变量

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cd biosoft
wget https://rth.dk/resources/risearch/RIsearch-2.1.tar.gz
tar -xzvf RIsearch-2.1.tar.gz
cd RIsearch-2.1
less README
less INSTALL

加入环境变量

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cp /home/kelly/biosoft/RIsearch-2.1/bin/risearch2.x /home/kelly/bin/.

查看用法

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risearch2.x
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================================ RIsearch v2.1 ===============================
================ Energy based RNA-RNA interaction predictions ================

Usage: risearch2.x [options]

至此,可以直接用了。

2 Burkholderia pseudomallei 为例

2.0NCBI下载Burkholderia pseudomallei BPC006fasta文件
2.1 生成index文件
代码语言:javascript
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risearch2.x -c 1_NC_018527.1.fa -o 1_NC_018527.1.suf
risearch2.x -c 2_NC_018529.1.fa -o 2_NC_018529.1.suf
2.2 RNA-RNA作用预测

这里预测一段sRNA的靶基因

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risearch2.x -q candidate1.fa -i 1_NC_018527.1.suf
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原始发表:2019.06.05 ,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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