农业试验中如何分析单因素方差分析

方差分析是统计分析应用中最广的方法了,可是怎么用R语言进行统计分析呢?当然, 农业试验中, 一般都是随机区组, 多因素随机区组, 裂区试验, 一年多点, 多年多点, 这里我们用最简单的示例讲解一下如何使用R语言进行分析. 其它试验设计的分析方法放在以后的微信文中进行讲解.

今天以agricolae包中的sweetpotato数据, 看一下如何进行方差分析, 如何进行多重比较, 如何进行作图.

1, 导入软件包和数据

library(agricolae)
data(sweetpotato)

2, 查看数据类型

可以看到, 数据为两列, 第一列为不同病毒的类型, 第二列为产量, 为了研究不同病毒感染对产量的影响.

> head(sweetpotato)
  virus yield
1    cc  28.5
2    cc  21.7
3    cc  23.0
4    fc  14.9
5    fc  10.6
6    fc  13.1

3, 使用R语言建模

因素: virus 变量: yield

model<-aov(yield~virus, data=sweetpotato)
summary(model)

4, 方差分析结果:

可以看到不同病毒达到显著性水平.

> summary(model)
            Df Sum Sq Mean Sq F value   Pr(>F)    
virus        3 1170.2   390.1   17.34 0.000733 ***
Residuals    8  179.9    22.5                     
---
Signif. codes:  
0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

5, 多重比较:

这里多重比较采用LSD方法.

out <- LSD.test(model,"virus", p.adj="bonferroni")
out$groups

结果可以看到, oo, ff,cc之间不显著(都有a), oo,ff与fc之间显著(字母没有交集).

> out$groups
      yield groups
oo 36.90000      a
ff 36.33333      a
cc 24.40000     ab
fc 12.86667      b

6, 多重比较作图

plot(out)

怎么样亲们, 你们get到了么? 如果有什么想要了解的, 留言吧!


end

原文发布于微信公众号 - 育种数据分析之放飞自我(R-breeding)

原文发表时间:2019-03-16

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