100篇泛癌研究文献解读之核受体基因家族探索

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)

本文发表在一个看不懂的杂志,是 Nucl Receptor Res. 2015 Dec 文章题目是:Pan-cancer analyses of the nuclear receptor superfamily. ,从题目可以看到本研究仅仅是关注 Nuclear receptors (NR) 基因集。 跟前面的 Sci Rep. 2013 Oct 和 Nat Commun. 2014 Sep 比较类似,都是研究具体的部分生物学意义的基因集。可以预料后面应该是还有人会研究EMT基因集,HDR基因集,PRC复合物基因集等等。本研究作者只分析了 6 种癌症的3000个肿瘤数据。然后作者比较了Nuclear receptors (NR) 和其它12个转录因子家族,关于它们的上下调问题,突变情况,拷贝数变异等等。样本量和数据如下:

文献解读属于100篇泛癌研究文献系列,首发于:http://www.bio-info-trainee.com/4132.html

关于Nuclear receptors (NR) 家族

中文资料比较少,https://www.cst-c.com.cn/contents/science-cst-pathways-nuclear-receptors/nuclear-receptor-signaling/pathways-nuclear 有一些介绍:

核受体超家族是配体激活的转录因子,在细胞分化/发育、增殖和代谢过程中起到不同的作用,并且与多种病症有关,如癌症、心血管疾病、炎症及生殖异常。该家族的成员包含N末端转录结构域、一个高度保守的中央区域锌指 DNA 结合域以及一个C端配体结合域。配体结合相关的核受体会导致靶组织内特定基因的反式激活。

3种数据整合

这里并没有涉及到6种数据,就表达上下调问题,突变情况,拷贝数变异的整合,如下:

在乳腺癌的表达热图

Nuclear receptors (NR) 家族基因全部列出,热图如下;

这个热图并没有标记样本的分类, 所以看不到这些Nuclear receptors (NR) 家族基因在乳腺癌的肿瘤样本和癌旁样本的表达量区别。

在乳腺癌的点突变情况

同样是Nuclear receptors (NR) 家族基因全部列出,突变全景图如下:

跟另外的12个转录因子家族比较

这12个转录因子家族:

后记

从流程图来看,本研究并不复杂,也很容易复现出来,后面我们会在GitHub公布数据复现的代码。

当然了,如果你想超脱于他们的泛癌计划已经发表的研究,那么就非常有必要跟着我读完这100篇泛癌文献!

详见我的100篇泛癌研究文献解读目录:http://www.bio-info-trainee.com/4132.html

TCGA教程长期更新列表

  • TCGA的28篇教程-使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据(cBioPortal)
  • TCGA的28篇教程-使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据 (离线打包版本)
  • TCGA的28篇教程-使用R语言的RTCGAToolbox包获取TCGA数据 (FireBrowse portal)
  • TCGA的28篇教程-批量下载TCGA所有数据 ( UCSC的 XENA)
  • TCGA的28篇教程-数据下载就到此为止吧
  • TCGA的28篇教程-指定癌症查看感兴趣基因的表达量
  • TCGA的28篇教程-对TCGA数据库的任意癌症中任意基因做生存分析
  • TCGA的28篇教程-整理GDC下载的xml格式的临床资料
  • TCGA的28篇教程-风险因子关联图-一个价值1000但是迟到的答案
  • TCGA的28篇教程-数据挖掘三板斧之ceRNA
  • TCGA的28篇教程-所有癌症的突变全景图
  • TCGA的28篇教程-早期泛癌研究
  • TCGA的28篇教程-CNV全攻略
  • TCGA的28篇教程-GTEx数据库-TCGA数据挖掘的好帮手
  • TCGA的28篇教程-所有癌症的突变全景图

原文发布于微信公众号 - 生信技能树(biotrainee)

原文发表时间:2019-06-06

本文参与腾讯云自媒体分享计划,欢迎正在阅读的你也加入,一起分享。

发表于

我来说两句

0 条评论
登录 后参与评论

扫码关注云+社区

领取腾讯云代金券