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社区首页 >专栏 >100篇泛癌研究文献解读之核受体基因家族探索

100篇泛癌研究文献解读之核受体基因家族探索

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生信技能树
发布2019-06-15 17:20:21
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发布2019-06-15 17:20:21
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文章被收录于专栏:生信技能树

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)

本文发表在一个看不懂的杂志,是 Nucl Receptor Res. 2015 Dec 文章题目是:Pan-cancer analyses of the nuclear receptor superfamily. ,从题目可以看到本研究仅仅是关注 Nuclear receptors (NR) 基因集。 跟前面的 Sci Rep. 2013 Oct 和 Nat Commun. 2014 Sep 比较类似,都是研究具体的部分生物学意义的基因集。可以预料后面应该是还有人会研究EMT基因集,HDR基因集,PRC复合物基因集等等。本研究作者只分析了 6 种癌症的3000个肿瘤数据。然后作者比较了Nuclear receptors (NR) 和其它12个转录因子家族,关于它们的上下调问题,突变情况,拷贝数变异等等。样本量和数据如下:

文献解读属于100篇泛癌研究文献系列,首发于:http://www.bio-info-trainee.com/4132.html

关于Nuclear receptors (NR) 家族

中文资料比较少,https://www.cst-c.com.cn/contents/science-cst-pathways-nuclear-receptors/nuclear-receptor-signaling/pathways-nuclear 有一些介绍:

核受体超家族是配体激活的转录因子,在细胞分化/发育、增殖和代谢过程中起到不同的作用,并且与多种病症有关,如癌症、心血管疾病、炎症及生殖异常。该家族的成员包含N末端转录结构域、一个高度保守的中央区域锌指 DNA 结合域以及一个C端配体结合域。配体结合相关的核受体会导致靶组织内特定基因的反式激活。

3种数据整合

这里并没有涉及到6种数据,就表达上下调问题,突变情况,拷贝数变异的整合,如下:

在乳腺癌的表达热图

Nuclear receptors (NR) 家族基因全部列出,热图如下;

这个热图并没有标记样本的分类, 所以看不到这些Nuclear receptors (NR) 家族基因在乳腺癌的肿瘤样本和癌旁样本的表达量区别。

在乳腺癌的点突变情况

同样是Nuclear receptors (NR) 家族基因全部列出,突变全景图如下:

跟另外的12个转录因子家族比较

这12个转录因子家族:

后记

从流程图来看,本研究并不复杂,也很容易复现出来,后面我们会在GitHub公布数据复现的代码。

当然了,如果你想超脱于他们的泛癌计划已经发表的研究,那么就非常有必要跟着我读完这100篇泛癌文献!

详见我的100篇泛癌研究文献解读目录:http://www.bio-info-trainee.com/4132.html

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原始发表:2019-06-06,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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  • 关于Nuclear receptors (NR) 家族
  • 3种数据整合
  • 在乳腺癌的表达热图
  • 在乳腺癌的点突变情况
  • 跟另外的12个转录因子家族比较
  • 后记
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