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samtools (非 root 用户安装)小笔记

在和大型机相爱相杀之后,看到了跑出来的结果,内心是无比崩溃的。。。。。。

samtools view bam文件出现错误

这也就意味着 bam文件必须得重新生成了(几天工作量白干。。。。。。)

我查了一下工作日志,发现因为一次节点不稳定问题导致输出有问题,已经重跑任务


为了避免以后的踩坑,我把相关分析的软件版本再检查了一遍 发现samtools的版本需要进行升级。接下来升级一下samtools step1:

下载samtools的安装包
https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2

step2: 对压缩包解压

tar jxvf softname.tar.bz2

会生成samtools文件夹

step3:

./configure --prefix=/home/usrname/software/samtools-1.9  #(把安装目录写上)

checking for gcc... gcc checking whether the C compiler works... yes checking for C compiler default output file name... a.out checking for suffix of executables... checking whether we are cross compiling... no checking for suffix of object files... o checking whether we are using the GNU C compiler... yes checking whether gcc accepts -g... yes checking for gcc option to accept ISO C89... none needed checking for special C compiler options needed for large files... no checking for _FILE_OFFSET_BITS value needed for large files... no checking location of HTSlib source tree... htslib-1.9 checking for NcursesW wide-character library... yes checking for working ncursesw/curses.h... yes checking for working ncursesw.h... no checking for working ncurses.h... yes checking for zlib.h... yes checking for inflate in -lz... yes checking for library containing regcomp... none required configure: creating ./config.status config.status: creating config.mk config.status: creating config.h === configuring in htslib-1.9 (/asnas/sunyl_group/liull/software/samtools- 1.9/htslib-1.9) configure: running /bin/sh ./configure --disable-option-checking '--prefix =/asnas/sunyl_group/liull/software/samtools-1.9' --cache-file=/dev/null - -srcdir=. checking for gcc... gcc checking whether the C compiler works... yes checking for C compiler default output file name... a.out checking for suffix of executables... checking whether we are cross compiling... no checking for suffix of object files... o checking whether we are using the GNU C compiler... yes checking whether gcc accepts -g... yes checking for gcc option to accept ISO C89... none needed checking for ranlib... ranlib checking for grep that handles long lines and -e... /usr/bin/grep checking for C compiler warning flags... -Wall checking for special C compiler options needed for large files... no checking for _FILE_OFFSET_BITS value needed for large files... no checking for _LARGEFILE_SOURCE value needed for large files... no checking shared library type for unknown-Linux... plain .so checking how to run the C preprocessor... gcc -E checking for egrep... /usr/bin/grep -E checking for ANSI C header files... yes checking for sys/types.h... yes checking for sys/stat.h... yes checking for stdlib.h... yes checking for string.h... yes checking for memory.h... yes checking for strings.h... yes checking for inttypes.h... yes checking for stdint.h... yes checking for unistd.h... yes checking for stdlib.h... (cached) yes checking for unistd.h... (cached) yes checking for sys/param.h... yes checking for getpagesize... yes checking for working mmap... yes checking for gmtime_r... yes checking for fsync... yes checking for drand48... yes checking whether fdatasync is declared... yes checking for fdatasync... yes checking for library containing log... -lm checking for zlib.h... yes checking for inflate in -lz... yes checking for library containing recv... none required checking for bzlib.h... yes checking for BZ2_bzBuffToBuffCompress in -lbz2... yes checking for lzma.h... yes checking for lzma_easy_buffer_encode in -llzma... yes checking for libdeflate.h... no checking for libdeflate_deflate_compress in -ldeflate... no checking for curl_easy_pause in -lcurl... yes checking for CCHmac... no checking for library containing HMAC... -lcrypto checking whether PTHREAD_MUTEX_RECURSIVE is declared... yes configure: creating ./config.status config.status: creating config.mk config.status: creating htslib.pc.tmp config.status: creating config.h

step4:

make
make install

有一个warning信息

查看版本

查看samtools版本
  ./samtools

samtools版本

step5: 添加到环境变量

echo 'export PATH=$PATH:/home/username/software/samtools-1.9/bin' >> /etc/profile

 source /etc/profile  ###//要让刚才的修改马上生效,需要执行以下代码
(PS :在此步修改bashrc是一样的效果)

echo 'export PATH=/home/usrname/mysoft/samtools/bin:$PATH'>>~./bashrc

source ~/.bashrc

Ref: 1:https://www.idcyunwei.org/post/182.html 2:https://www.cnblogs.com/ctfighting/p/7491280.html 3:https://blog.mrzhenggang.com/angsd-install/ 4:https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2

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