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如何预测miRNA靶基因(miRWalk2.0数据库)

miRWalk2.0数据库介绍

miRWalk2.0是miRWalk数据库的改进版本。 miRWalk2.0可以提供最全面的预测和实验验证的miRNA-mRNA相互作用,可以极大地帮助研究者对miRNA进行研究。miRWalk2.0不仅记录了基因完整序列中的miRNA结合位点,还可以将这些信息与12个现有miRNA-mRNA相互作用数据库:DIANA-microTv4.0,DIANA-microT-CDS, miRanda-rel2010,mirBridge,miRDB4.0,miRmap,miRNAMap,doRiNA即PicTar2,PITA,RNA22v2,RNAhybrid2.1和Targetscan6.2)构建基于promoter (4 prediction datasets), cds (5 prediction datasets), 5’- (5 prediction datasets) and 3’-UTR (13 prediction datasets) 。它还记录了通过自动文本挖掘搜索收集的实验验证的miRNA-mRNA相互作用信息,同时也有来自有资源(miRTarBase,PhenomiR,miR2Disease和HMDD)。

miRWalk2.0数据库的新特性:

  • 结果归纳总结了13种不同的miRNA-mRNA预测数据库的信息
  • 根据不同的miRNA结合位点:启动子,CDS,5'和3'-UTR,线粒体基因组提供miRNA-mRNA预测
  • 可以根据“自定义数据集”功能,以下载自定义目标列表
  • 提供经过实验验证的miRNA-mRNA相互作用
  • 提供外部数据库链接以收集更多信息和注释数据

miRWalk2.0数据库操作演示

(1)通过mRNA基因名预测miRNA-mRNA相互作用关系:

在mRNA的情况下,用户可以使用以下ID来输入:基因symbol(例如GAS2),EntrezID(例如10608),EnsemblID(例如ENSG00000148935或ENST00000454584)和RefseqID(例如NM_001143830)并点击搜索选项 执行查询输入。

  • 通过基因EnsemblID

仅仅修改输入基因名类型即可,其余后续步骤一致

目前支持靶位点在基因的5UTR,CDS,3UTR 三种数据,但是一般miRNA的靶位点在3UTR区域,所以下载3UTR即可。

点击下载即可(download complete table)

(2)通过miRNA基因预测miRNA-mRNA相互作用关系:

用户可以通过miRBase给出miRNA ID(例如hsa-miR-214-3p)或其他数据库miRNA基因编号(例如MIMAT0000271)。 在搜索单个miRNA时,也可接受miRNA的短名称或家族miRNA(例如let-7)。

几乎上述步骤一致,修改下miRNA相关信息,点击右下角search即可

点击3UTR,我们看到有两个3UTR可供下载,根据标题可以看出第一个为来自miRwalk数据库本身算法的预测结果,第二个为来自其他12个miRNA-mRNA相互作用预测数据库的结果。

点击下载即可,下载文件与网页展示的一样。

(3)结果解读

红色箭头代表miRNA信息,橙色箭头代表mRNA信息,蓝色箭头代表使用的数据库,绿的箭头代表最后有意义的数据库总数(默认是从高到底)

(4)输入多个mRNA或者miRNA

可以上传miRNA或mRNA列表,仅仅将输入框里输入多个gene即可,其余后续下载步骤一致。

选择NCBI,可以通过EntrezID查询,选择gene,official symbol,可以通过我们熟悉的gene symbol查询。这两种方式都可以,但是当输入一组基因时,一次性里面最多只能输入20个gene id或者gene symbol。如果你的输入基因太多,只能分批次输入。gene symbol有时候容易出错,容易重名,用EntrezID,是数字比较准确。

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