如何预测miRNA靶基因(miRWalk2.0数据库)

miRWalk2.0数据库介绍

miRWalk2.0是miRWalk数据库的改进版本。 miRWalk2.0可以提供最全面的预测和实验验证的miRNA-mRNA相互作用，可以极大地帮助研究者对miRNA进行研究。miRWalk2.0不仅记录了基因完整序列中的miRNA结合位点，还可以将这些信息与12个现有miRNA-mRNA相互作用数据库：DIANA-microTv4.0，DIANA-microT-CDS， miRanda-rel2010，mirBridge，miRDB4.0，miRmap，miRNAMap，doRiNA即PicTar2，PITA，RNA22v2，RNAhybrid2.1和Targetscan6.2）构建基于promoter (4 prediction datasets), cds (5 prediction datasets), 5’- (5 prediction datasets) and 3’-UTR (13 prediction datasets) 。它还记录了通过自动文本挖掘搜索收集的实验验证的miRNA-mRNA相互作用信息，同时也有来自有资源（miRTarBase，PhenomiR，miR2Disease和HMDD）。

miRWalk2.0数据库的新特性：

• 结果归纳总结了13种不同的miRNA-mRNA预测数据库的信息
• 根据不同的miRNA结合位点：启动子，CDS，5'和3'-UTR，线粒体基因组提供miRNA-mRNA预测
• 可以根据“自定义数据集”功能，以下载自定义目标列表
• 提供经过实验验证的miRNA-mRNA相互作用
• 提供外部数据库链接以收集更多信息和注释数据

miRWalk2.0数据库操作演示

（1）通过mRNA基因名预测miRNA-mRNA相互作用关系：

在mRNA的情况下，用户可以使用以下ID来输入：基因symbol（例如GAS2），EntrezID（例如10608），EnsemblID（例如ENSG00000148935或ENST00000454584）和RefseqID（例如NM_001143830）并点击搜索选项 执行查询输入。

• 通过基因symbol miRWalk2.0: a comprehensive atlas of predicted and validated miRNA-target interactions http://zmf.umm.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk2/generetsys-self.html

• 通过基因EnsemblID

仅仅修改输入基因名类型即可，其余后续步骤一致

目前支持靶位点在基因的5UTR，CDS，3UTR 三种数据，但是一般miRNA的靶位点在3UTR区域，所以下载3UTR即可。

点击下载即可（download complete table）

（2）通过miRNA基因预测miRNA-mRNA相互作用关系：

用户可以通过miRBase给出miRNA ID（例如hsa-miR-214-3p）或其他数据库miRNA基因编号（例如MIMAT0000271）。 在搜索单个miRNA时，也可接受miRNA的短名称或家族miRNA（例如let-7）。

几乎上述步骤一致，修改下miRNA相关信息，点击右下角search即可

点击3UTR，我们看到有两个3UTR可供下载，根据标题可以看出第一个为来自miRwalk数据库本身算法的预测结果，第二个为来自其他12个miRNA-mRNA相互作用预测数据库的结果。

点击下载即可，下载文件与网页展示的一样。

（3）结果解读

红色箭头代表miRNA信息，橙色箭头代表mRNA信息，蓝色箭头代表使用的数据库，绿的箭头代表最后有意义的数据库总数（默认是从高到底）

（4）输入多个mRNA或者miRNA

可以上传miRNA或mRNA列表，仅仅将输入框里输入多个gene即可，其余后续下载步骤一致。

选择NCBI，可以通过EntrezID查询，选择gene，official symbol，可以通过我们熟悉的gene symbol查询。这两种方式都可以，但是当输入一组基因时，一次性里面最多只能输入20个gene id或者gene symbol。如果你的输入基因太多，只能分批次输入。gene symbol有时候容易出错，容易重名，用EntrezID,是数字比较准确。