多位点取样外显子测序看食管癌的肿瘤内部突变异质性（逆向收费读文献2020-15）
多位点取样外显子测序看食管癌的肿瘤内部突变异质性（逆向收费读文献2020-15）
本研究发表于 Nat Commun. 2019 Apr ，题目是：Multi-region sequencing unveils novel actionable targets and spatial heterogeneity in esophageal squamous cell carcinoma. 纳入 39个ESCC病人，然后取肿瘤样品 185个，146个原位癌症样品和21个淋巴结转移样品。不仅仅是肿瘤外显子测序，还有一些TCR测序。
其实并不是食管癌的第一篇文章了，之前有发表在 Nat Genet. 2016 Dec; 的研究就纳入13个ESCC病人，对51个肿瘤部位做WES测序，而且还挑选其中3个病人做了甲基化芯片数据来探索食管癌的肿瘤内部突变的时空异质性。
准确来说，ESCC和EAC的多位点取样研究都发表过很多了！
关于肿瘤外显子测序
包括 39 normal esophageal tissues and 164 regional tumors from 39 patients, 21 metastatic lymph nodes samples and PBMCs from 10 patients
值得注意的是，还有在 WuXi NextCODE 的 ５０８个ＷＧＳ测序数据哦，这个数据并没有独立发表文章， 但是在本研究中作为验证集数据。
主要的数据分析策略
发现有些软件我也没有用过，不过跟我这几年走的肿瘤外显子流程大同小异：
点突变的全景图
这里作者把病人的突变分成了branch和trunk，然后挑选了5个基因集的重要基因进行可视化如下：
拷贝数变异的全景图
同点突变，可视化如下：
根据拷贝数变异推断病人的克隆进化情况
这里拿ESCC033举例：
branch和trunk突变的频谱关联情况
非负举证分解可以把突变根据cosmic的30个频谱进行分类打分。
可以看到branch突变数量是跟APOBEC频谱正相关，而trunk突变跟aging频谱负相关。
它们的8个频谱比例不一样，如下：
外显子队列和全基因组队列都有部分病人是BRCA1基因缺陷
COSMIC的signature 3和 BRCA1/2缺陷的关系早就在多种癌症有报道，因为本39个ESCC队列发现了4例病人有着 pathogenic germline alterations in BRCA1/2 genes ， 所以作者认为这个可能是靶点，值得继续探索，最后也的确发现COSMIC的signature 3比例的确可以揭示病人的 BRCA1/2 基因缺陷情况。
如下：
而且可以看到病人的COSMIC的频谱3比例是可以很好的预测病人是否携带有BRCA1基因缺陷的。
平行进化模型
最后得到了：
