如何使用命令行运行R语言的rmd rmarkdwon文件

太长不看:

运行下面命令:

R -e "rmarkdown::render('script.Rmd',output_file='output.html')"

命令解析:

  • 首先使用R -e进行R语言命令行运行, 命令用双引号包括.
  • 使用rarkdown的render函数, 进行Rmd文件的运行和解析, 参数outputfile是输出文件名称和格式, 这里的格式为html, 可以选择pdf或者word格式.
  • 需要准备的文件是script.Rmd文件, 里面是rmarkdwon的格式文件.

例子

文件: script.Rmd

### 我是谁?
> dengfei

### 来干嘛
> 演示如何通过命令行调用rmarkdwon脚本,并生产html

### 来个例子

    ```{r}
    example(plot)
    ```

运行:

R version 3.5.1 (2018-07-02) -- "Feather Spray"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

Default CRAN mirror snapshot taken on 2018-08-01.
See: https://mran.microsoft.com/.

> rmarkdown::render('script.Rmd',output_file='output.html')

...
processing file: script.Rmd
  |................................                                 |  50%
  ordinary text without R code
...
...

结果中, 将Rmd文件中的markdwon语法进行了转化, 比如"###"变为了标题. ">"变为了引用, Rmarkdown还有一个优势, 其能够将执行R代码, 然后将结果保存为markdown的格式, 其它标准markdown不具备这种能力.

当然, jupyter也可以对python, R, Julia进行markdown的转化, 包括代码和图表结果, 掌握markdown是每个数据分析师应该具备的技能.

桥段1:

A同事要发一个说明文档给B同事. A最先发送的是pdf格式, 在发送中将文件取消, 不一会儿B同事收到了一个后缀为md的文件.

md是markdown格式的后缀, 需要特定的软件转换后查看.

桥段2:

拉杰什(Rajesh)

拉杰什去参加舞会, 看到一个中意的妹子, 开始搭讪, 最终的结果是双方承诺去看一下彼此的论文...这说明, 如果没有论文是很难交流的...

本文分享自微信公众号 - 育种数据分析之放飞自我(R-breeding)

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原始发表时间:2019-07-01

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