手把手学习TCGA数据库：SNP突变分析第五期

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各位科研芝士的朋友，大家好，TCGA_SNP的下载我们已经连续分享了4个帖子，分别是官网直接下载，Tcgabiolinks下载、UCSC-XENA下载以及cBioportal工具下载，今天我们分享SNP数据下载的最后一讲Fire Browse工具。

Fire Browse

（http://firebrowse.org/）

这是由 Broad研究所开发的用于TCGA数据挖掘可视化的网络平台，提供基因表达，突变等综合挖掘分析功能，类似于cBioportal。该网站在TCGA数据可视化中做的依旧不错，可以帮助大家更好使用TCGA这个资源丰富的数据库。毕竟所有资源的开发都是为了进一步对数据进行整合。下面我们就进入正题，网站主页是这样的：

继续回想一下，是不是还记得该网站的一个孪生兄弟， FireHouse，这个和Firebrowse的关系，就是Fire Browse是FireHouse的浏览器，FireHouse是数据的存储站。

那我们就先来认识一下FireHouse，我们主要关注SNP数据下载。

1. 首先我们进入FireHouse主界面，

如下：

点击第一个Data 下面的Browse，便进入肾上腺皮质癌的数据展示界面，会出现下面的界面。

看到了FireBrowse是不是有一种莫名的熟悉感？红色框框内部便是我们看到的for ACC，ACC是对肾上腺皮质癌的简写。

2. 点击Mutation Analyses，

便会出现下面的界面

3.识别突变基因

在红色框内分别代表在panel编辑，样本排序，是否显示网格，以及是否显示缺失的样本和legend。

4.点击样本排序，可以看到如下界面，表示根据突变基因情况，进行了样本排序：

5.是否显示网格，如下，

你会发现在红色框内出现了网格线：

6.是否显示缺失的样本，

注意体会二者区别

（不显示非突变样本）

（显示非突变样本）

7.Legend就不说了，我们继续看看突变基因是都可以倒叙排列，答案当然是可以的

点击红框内的mutation，便可以实现mutation排列倒叙，变成如下的状态。

Ok，今天的教程主要是带大家体验TCGA_SNP数据在Fire Browse上的数据分析，下期我们将基于MAF文件推出，TCGA的基于R语言数据处理MAF文件的方法，再见。

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