蛋白质组学第2期-认识蛋白质组学原始数据

上周我们公布了，蛋白质组学习小组起飞啦！ 短短几天就获得了200多小伙伴的支持，让我们也更有信心的带领大家掌握一个蛋白质组学数据处理的实战，我们第2期学习内容是认识一下蛋白质组学的原始数据

第一期

1.读文章

《The Primary Effect on the Proteome of ARID1A-mutated Ovarian Clear Cell Carcinoma is Downregulation of the Mevalonate Pathway at the Post-transcriptional Level》

• 理清文章思路
• 总结蛋白质组学部分的流程
• 标出所用的软件及需要下载的内容

2.下载软件：MaxQuant

• 网址：https://www.maxquant.org/
• 下载

• 需要填写基本信息后下载
• 解压

• 点击图标即可进入

3.Raw文件下载

• 文中描述

(http://proteomecentral.proteomexchange.org)在搜索框输入 ID号 PXD004570

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• 出现文章信息

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• Database FTP location

• raw 一共12个质谱原始文件全部下载。

友情提示：

数据量稍微有一点大，如果你是个人电脑，建议跳过前面3个原始数据处理的步骤，直接从第5讲开始跟着练习，或者你可以考虑配置生物信息学数据处理服务器：72核心、72GB内存服务器集群（不到1000美元）