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在Ubuntu下安装单细胞3大R包

查看Ubuntu系统以及R版本

cat /etc/issue

通常来说,很多R包的安装对R版本是有要求的,比如BiocManager需要 R (≥ 3.5.0),但是并不需要最新版R语言。

R到3.5因为引入了Bioconductor version: Release (3.8),是一个破天荒地的改变,所以低版本的R必须更新到3.5以上!

Ubuntu倒是很稳定的更新,我的其实已经是Ubuntu18了 ,其它版本需要修改Ubuntu源文件,使用VIM编辑器修改文件:/etc/apt/sources.list

假如系统R版本不够,就需要升级

# 首先删除系统自带旧版本的R
sudo apt-get --purge remove r-base  r-base-core r-base-dev
sudo apt-get --purge remove r-base-core
sudo apt-get --purge remove r-base-dev
# sudo apt-get remove -y 'r-cran-*'
# apt-get remove 会删除软件包而保留软件的配置文件r
# apt-get purge 会同时清除软件包和软件的配置文件

#然后更新Ubuntu源文件
## 这里,不同Ubuntu系统有点不一样:
cat /etc/issue
# 18.04
# 使用VIM添加下面代码到/etc/apt/sources.list文件
# deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
sudo apt-get update
sudo apt-get install -y  r-base r-base-core  r-base-dev

使用sudo安装一些必备包

这里只是举例,我比较常用的包,安装非常耗时,一般来说小半天就过去了。

options()$repos 
options()$BioC_mirror
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options()$repos 
options()$BioC_mirror

# https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
 install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("KEGG.db",ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("GSEABase","GSVA","clusterProfiler" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("GEOquery","limma","impute" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("genefu","org.Hs.eg.db","hgu133plus2.db" ),ask = F,update = F)
 BiocManager::install(c('shiny','shinydashboard','stringr','DT','ggplot2'),ask = F,update = F)

安装shiny-server及Rstudio-server

https://www.rstudio.com/products/shiny/shiny-server/

https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/

sudo su - \
-c "R -e \"install.packages('shiny', repos='https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/')\""
sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download3.rstudio.org/ubuntu-14.04/x86_64/shiny-server-1.5.9.923-amd64.deb
sudo gdebi shiny-server-1.5.9.923-amd64.deb 

wget  https://download2.rstudio.org/server/trusty/amd64/rstudio-server-1.2.1335-amd64.deb
sudo gdebi  rstudio-server-1.2.1335-amd64.deb

这样的话 http://139.9.249.168:3838/ 和 http://139.9.249.168:8787 就是可以访问的啦。

安装我们的主角-3大R包

从代码的角度来看,很简单:

options()$repos 
options()$BioC_mirror
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options()$repos 
options()$BioC_mirror

BiocManager::install("scater")
BiocManager::install("Seurat")
BiocManager::install("monocle")

至于这R包用法,建议看官网文档:

  • https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/scater.html
  • https://cran.r-project.org/web/packages/Seurat/index.html
  • http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/monocle.html

R包安装失败通常是linux的库文件缺失

自行搜索安装必备的系统库文件

sudo apt install openjdk-8-jre-headlesssudo apt-get install exfat-utils exfat-fuse 
sudo apt-get -y install libcurl4-gnutls-dev  libxml2-dev libssl-dev subversion scons libfuse-dev gcc
sudo apt-get -y install  libmariadb-client-lgpl-dev libcurl4-openssl-dev libudunits2-dev

本文分享自微信公众号 - 生信技能树(biotrainee),作者:生信技能树

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2019-07-19

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