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R语言作图——Facet violinplot

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一只羊
发布2019-07-27 18:57:26
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发布2019-07-27 18:57:26
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文章被收录于专栏:生信了生信了

老铁们,许久未见啦。顺便说一下,最近可不是小仙同学偷懒哟,电脑上个月送修今天刚刚拿回来(想买联想Yoga的同学先问问自己会不会拆电脑换排线,我买的这台用了一个月,送修也用了一个月)。

最近我可攒了个大招呢,先来看看下面这张图,有没有很眼熟呢?

这张图在开始介绍R语言的时候就出现过啦,不过小仙同学当时并不知道怎么画。今天可以秀一把啦。

Step1.绘图数据的准备

老样子,准备好要作图的csv文件。

数据的格式如下图:列表示一种变量(特征),第一行是列名

a1~a9表示9种基因,TypeA~TypeC表示三种不同的细胞

Step2.绘图数据的读取

data<-read.csv(“yourfile path”, header = T) #注释:header=T表示数据中

的第一行是列名,如果没有列名就用header=F

Step3.绘图所需package的安装、调用

#注释:大家要注意今天要用的package安装比较特别哟

install.packages("devtools")

library(devtools)

install_github("kassambara/easyGgplot2")

library(easyGgplot2)

#注释:今天还要用到一个新的函数,reshape2里的melt函数,可以把宽数据变成长数据

install.package("reshape2")

library(reshape2)

Step4绘图

#注释:xName表示x轴变量,yName表示y轴变量

ggplot2.violinplot(data=df,xName='variable',yName='value',

groupName='variable',legendPosition="top",

faceting=TRUE,facetingVarNames="type")

Step5.美化

ggplot2.violinplot(data=df,xName='variable',yName='value',

groupName='variable',legendPosition="top",

backgroundColor="white",

removePanelGrid=TRUE,

axisLine=c(0.5,"solid", "black"),

faceting=TRUE,facetingVarNames="type")

Ps:如果想去掉边框可以加上这一句removePanelBorder=TRUE

到这里已经可以完成facet violin plot了,那么问题来了,怎么才能让图片变成下图这个样子呢?小仙同学用了个很笨的方法,下次分享揭晓答案哟!

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原始发表:2018-11-30,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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