在线工具（一）批量获取碱基序列

假设你记录了许多染色体区间（比如你有一个bed文件），你想知道每个区间对应的碱基序列是什么。如果你手头上有全基因组的序列并且你会编程的话，那么你写一个脚本就可以很快地完成任务。要是你没有全基因组序列或者不会编程呢？

今天介绍一个利用UCSC Table Browser来批量获取碱基序列的方法。

首先进入UCSC Table Browser的界面，网址是

https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables

选择“manage custom tracks”

点击“add custom tracks”

按照“chr<x> <begin_position> <end_position>”的格式将需要查询的coordinate位置输入进去，点击“submit”。注意，这种方法中，begin_position是从0开始计数的，也就是说，如果begin_position输入的值是12023593，那么它实际上代表染色体上12023594的位置。

可以看到“custom tracks”添加成功，这个时候选择“Table Browser”，点击“go”。

output format选择“sequence”，点击“getoutput”。

点击“get sequence”。

结果就出来了。注意，和最初的输入相比，结果是倒序的。

本次分享到这就结束了。通过它，我们可以知道一些网络工具还是很有用的，如果你有兴趣可以深入了解UCSC Genome Browser。当然，以后我们还会继续分享其他的实用工具集。