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一 .上期教程方法输出的结果1.上期的教程输出的结果2. 文件夹较多3.重要的文件夹是 combined4. txt 文件夹5. proteinGroup 文件二. 发现上期结果错误1.错误分析2.文章方法再次解析三. 正确的实验设置1)细胞一:OVCA4292)细胞二: OVISE3)注意四 输出结果基本认识summaryproGroupspeptidemodificationSpecificPeptides
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每个样本对应输出了一个文件夹,文件夹内是每个样本的的谱图的解析。这些文件夹我们就不用看了。
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在combined 文件里有一个 txt文件夹,这个txt文件包含了所有的你想要的信息。
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txt文件夹里有一个 proteinGroup 文件,使用excel表格打开,那这个表格就是我们想要的表格
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当我看到这里的时候,我发现了错误。
我们上期教程中缩写的实验设计部分,输出的结果只有一个combined 文件夹,且在 蛋白定量的结果里只出现了两列定量丰富。
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文章的实验设计有两种细胞,每种细胞又有对照组和实验组。我们要做的LFQ定量,应该是每一种细胞的6个raw文件(3个对照+3个实验)进行定量。也就是说应该输出两个combined的文件,且每个proteinGroup 里有6列定量的信息,也就是每个样本都会有一个定量信息。实验设计要重新设置。
两种细胞分开搜库
为了加以区分,没有多样本混乱并且不出现上面的错误,我们采用分开搜库,重新进行实验设计,首先将两个细胞的文件分别放在两个文件夹下。
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尽量搜完细胞一,再开始细胞二,电脑运行有限。全部搜库结束后也会出现上面描述的很多文件出现在每个文件夹下。然后再去找每种细胞文件夹下的 combined。这次大家不用再搜库了,我把结果文件放进了微云链接。大家去微云链接下载。
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