专栏首页生物信息云基础科研不得不了解的实用数据库!

基础科研不得不了解的实用数据库!

这么长时间以来,我们推荐过的数据库差不多有好几十个,今天把最常用的一些的实用数据库汇总整理了一下:

基因表达数据集

GEO(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds/)

ArrayExpress(https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/)

TCGA(https://cancergenome.nih.gov/)

miRNA分析预测

starBase(http://starbase.sysu.edu.cn/)

miRTarBase(http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php)

miRWalk(http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/)

miRBase(http://www.mirbase.org/)

TargetScan(http://www.targetscan.org/)

DIANA(http://diana.imis.athena-innovation.gr/)

我好像发现了一个miRNA各种软件的大本营……

mirDIP(http://ophid.utoronto.ca/mirDIP/)

不吹不黑,这个数据库真心好用!

基因信息

GeneCards(https://www.genecards.org/)

准备国自然基金,这两个数据库好用到爆!

BioGPS(http://biogps.org/)

国足都赢了,你竟然还不知道这些基因信息数据库?

UCSC(http://genome.ucsc.edu/)

这是一个神奇的网站:UCSC Genome Brower

转录因子、启动子、泛素化修饰

iregulon(http://iregulon.aertslab.org/)

转录调控一站式工具——iRegulon

TFcheckpoint(http://www.tfcheckpoint.org/)

Promoter(http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/)

UbiBrowser(http://ubibrowser.ncpsb.org/)

高大上的研究怎能少了此等神器?

lncRNA

DIANA(http://diana.imis.athena-innovation.gr/)

如果miRNA神器只能推荐一个,就是这个了!

StarBase(http://starbase.sysu.edu.cn/)

Starbase重新上线,广大科研汪的福音来了!

circRNA

circBase(http://www.circbase.org/)

StarBase(http://starbase.sysu.edu.cn/)

一篇10分文章教你写circRNA的研究路线

基因功能分析

DAVID(https://david.ncifcrf.gov/)

Metascape(http://metascape.org/)

超好用的基因功能分析网站!

XTalkDB(http://www.xtalkdb.org/)

在信号通路中迷了路?

蛋白质互作

STRING(https://string-db.org/)

MINT(mint.bio.uniroma2.it/)

BioGrid(https://thebiogrid.org/)

GeNets(http://apps.broadinstitute.org/genets#)

换种姿势做PPI分析

TCGA数据库分析

GEPIA(http://gepia.cancer-pku.cn/)

cbioportal(www.cbioportal.org/ )

Oncomine(https://www.oncomine.org/)

如何从Oncomine找到可以直接放到文章里面的结果?

UALCAN(http://ualcan.path.uab.edu/index.html)

Kaplan Meier Plotter(http://kmplot.com/analysis/)

TCGA数据库挖掘分析,这个网站好用到爆!

LinkedOmics(http://www.linkedomics.org/)

分析TCGA数据库的工具这么多,我就只服这一个!

药物相关

L1000FWD(http://amp.pharm.mssm.edu/L1000FWD/)

又全又好用的药物数据库看过来!

TCM@Taiwan(http://tcm.cmu.edu.tw/)

TCMGeneDIT(http://tcm.lifescience.ntu.edu.tw/)

TCMID(http://www.megabionet.org/tcmid/)

中药研究,这些数据库能帮你拿到基金!

疾病相关

MalaCards(http://www.malacards.org/)

Lncrnadisease(http://www.cuilab.cn/lncrnadisease)

疾病研究找不到方向怎么办?

本文分享自微信公众号 - MedBioInfoCloud(MedBioInfoCloud),作者:机智的怪阿姨

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2019-07-28

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