这么长时间以来,我们推荐过的数据库差不多有好几十个,今天把最常用的一些的实用数据库汇总整理了一下:
基因表达数据集
GEO(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds/)
ArrayExpress(https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/)
TCGA(https://cancergenome.nih.gov/)
miRNA分析预测
starBase(http://starbase.sysu.edu.cn/)
miRTarBase(http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php)
miRWalk(http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/)
miRBase(http://www.mirbase.org/)
TargetScan(http://www.targetscan.org/)
DIANA(http://diana.imis.athena-innovation.gr/)
mirDIP(http://ophid.utoronto.ca/mirDIP/)
基因信息
GeneCards(https://www.genecards.org/)
BioGPS(http://biogps.org/)
UCSC(http://genome.ucsc.edu/)
转录因子、启动子、泛素化修饰
iregulon(http://iregulon.aertslab.org/)
TFcheckpoint(http://www.tfcheckpoint.org/)
Promoter(http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/)
UbiBrowser(http://ubibrowser.ncpsb.org/)
lncRNA
DIANA(http://diana.imis.athena-innovation.gr/)
StarBase(http://starbase.sysu.edu.cn/)
circRNA
circBase(http://www.circbase.org/)
StarBase(http://starbase.sysu.edu.cn/)
基因功能分析
DAVID(https://david.ncifcrf.gov/)
Metascape(http://metascape.org/)
XTalkDB(http://www.xtalkdb.org/)
蛋白质互作
STRING(https://string-db.org/)
MINT(mint.bio.uniroma2.it/)
BioGrid(https://thebiogrid.org/)
GeNets(http://apps.broadinstitute.org/genets#)
TCGA数据库分析
GEPIA(http://gepia.cancer-pku.cn/)
cbioportal(www.cbioportal.org/ )
Oncomine(https://www.oncomine.org/)
UALCAN(http://ualcan.path.uab.edu/index.html)
LinkedOmics(http://www.linkedomics.org/)
药物相关
L1000FWD(http://amp.pharm.mssm.edu/L1000FWD/)
TCM@Taiwan(http://tcm.cmu.edu.tw/)
TCMGeneDIT(http://tcm.lifescience.ntu.edu.tw/)
TCMID(http://www.megabionet.org/tcmid/)
疾病相关
MalaCards(http://www.malacards.org/)
Lncrnadisease(http://www.cuilab.cn/lncrnadisease)
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