miRNA靶基因预测数据库TargetScan使用教程

哺乳动物中的miRNA通过结合转录本序列的3’UTR区,从而发挥转录后调控作用。TargetScan是一个专门分析哺乳动物miRNA靶基因的软件,并且根据已有的分析结果整理成了数据库,网址:http://www.targetscan.org/vert_72/

micRNA介绍

micRNA是(mRNA-interfering complementary RNA)的缩写,能与被调控的RNA或DNA互补的小分子。mRNA干扰性互补RNA,又称反义RNA,通过碱基的互补配对与目标mRNA或DNA形成双链复合物,影响RNA的修饰、翻译、转录等过程,封闭或抑制基因的正常表达 。

当主变量是 miRNA, 其靶基因因变量应该是一个 RNA, 可以是编码蛋白的 mRNA 的 3’ UTR, 也可以是另外一个非编码RNA(lncRNA 或 circRNA 都可以)

一条 miRNA可以同时结合多个靶基因, 反之这些被结合的靶基因也可以一条 RNA 结合多个 miRNA, 形成一个网络状的调控关系。当一个 miRNA 同时结合 2 个靶基因的时候, 这两个靶基因是存在一种竞争关系的, 因为同一时间与 miRNA 配对的只能是一条, 有你没我, 这样的调控模式叫竞争性内源 RNA。 英文术语 competitive endogenous RNA / competing endogenous RNA,意思一样, 缩写 ceRNA。 ceRNA 不是一种分子类型, 它是一套机制模式。

另外当主变量是 lncRNA 或者 circRNA 的时候, 因变量反过来也可以是miRNA, 所以 RNA 结合 RNA 主要就是非编码 RNA 在唱戏。


TargetScan数据库使用

根据不同的代表物种,分成以下几个子数据库

  1. TargetScanHuman
  2. TargetScanMouse
  3. TargetScanFly
  4. TargetScanWorm
  5. TargetScanFish

下面我们开始介绍该数据库的使用!!!


除了TargetScan数据库以外,miRNA靶基因预测数据库还有miRWalk, miRMap, MicroT4, miRNAMap, TargetScan PICTAR2, miRBridge, PITA, miRanda, RNAhybrid, miRDB, RNA22,其实,我们只需要掌握一两个也就可以了,想学习的同学,扫码关注,后续更新!

本文分享自微信公众号 - MedBioInfoCloud(MedBioInfoCloud)

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2019-06-05

本文参与腾讯云自媒体分享计划,欢迎正在阅读的你也加入,一起分享。

发表于

我来说两句

0 条评论
登录 后参与评论

相关文章

来自专栏微卡智享

Oracle Sequence序列的介绍与使用

前面因为项目数据导数据,我们介绍过《Oracle通过ODBC连接SQL Server数据库》,在实际导入过程中新的数据表结构里面存在不少ID的列,所以就用到了O...

15630
来自专栏卯金刀GG

【sonar错误提示】

2.1、修改配置文件 可以编辑my.cnf来修改(windows下my.ini),在[mysqld]段或者mysql的server配置段进行修改。 max_...

16320
来自专栏前端自习课

【GraphQL】225-GraphQL真香入门教程

GraphQL 是 Facebook 开发的一种 API 的查询语言,与 2015 年公开发布,是 REST API 的替代品。

9120
来自专栏卯金刀GG

Table configuration with catalog null, schema null错误的一个原因

Generation Warnings Occured Table configuration with catalog null, schema nul...

85230
来自专栏小白帽学习之路

Kali Linux Web渗透测试手册(第二版) - 6.4 - 基于错误的SQL注入

在上一个章节中,我们检测到了一个SQLi。 在本文中,我们将利用该漏洞并使用它从数据库中提取信息。

8220
来自专栏卯金刀GG

Spring主从数据库的配置和动态数据源切换原理

在大型应用程序中,配置主从数据库并使用读写分离是常见的设计模式。在Spring应用程序中,要实现读写分离,最好不要对现有代码进行改动,而是在底层透明地支持。

13420
来自专栏小白帽学习之路

Kali Linux Web渗透测试手册(第二版) - 6.3 - 手动识别SQL注入

大多数现代Web应用程序都实现某种数据库,而SQL是最常用的查询数据库的语言。 在SQL注入(SQLi)攻击中,

7230
来自专栏小白帽学习之路

Kali Linux Web渗透测试手册(第二版) - 6.5 - 确认并利用SQL盲注漏洞

我们已经学会了如何找到并利用sql注入漏洞,下面我们将介绍一个同类型的另外一个漏洞,名为sql盲注。它不会有任何回显信息,完全利用两次不同的回显页面造成数据库猜...

8720
来自专栏A周立SpringCloud

MySQL高性能优化规范建议,值得收藏

•所有数据库对象名称必须使用小写字母并用下划线分割•所有数据库对象名称禁止使用 MySQL 保留关键字(如果表名中包含关键字查询时,需要将其用单引号括起来)•数...

12630
来自专栏微卡智享

c# 调用Oracle带有游标的存储过程

我们在写Oracle存储过程时经常会需要返回数据,像这种方式一般都输出游标的方式。我们今天就来做个用C#程序调用Oracle带有游标输出的存储过程并展示出数据。

13110

扫码关注云+社区

领取腾讯云代金券

年度创作总结 领取年终奖励