简单的小技巧分享,其实主要是想说一下,全国巡讲,杭州站报名还有5天截止! 报名通道:全国巡讲第13站-杭州(生信技能树爆款入门课)(下一站甘肃兰州)
就模拟一个基因表达矩阵吧,列是基因,有10个基因,然后行是样本,这10个基因在100个样本的表达量。
expr=rnorm(1000)
dim(expr)=c(100,10)
colnames(expr)=LETTERS[1:10]
pheatmap::pheatmap(expr)
ITH_genes=LETTERS[1:10]math=rnorm(10)
有一个变量是math值,也是100个样本的一个指标,然后就可以看10个基因分别和这个math的散点图,看相关性,因为是完全随机,所以后面绘制的图都不太可能会有明显的相关性。
这个时候表达矩阵是宽的
这个时候宽表达矩阵,需要折叠起来,变成长的数据形式才能绘图。