平时工作中,主要任务是改代码,然后才是写代码,很多代码可以复用,很多分析可以批量进行。今天介绍一下在Linux下批量执行代码的方法。复杂的可以用snakemake编写定义规则,简单的用shell直接写就可以。
想要实现的目标:
1, 有0-9, 10个文件夹
2, 依次进入文件夹, 执行run.sh
脚本, 因为运行时间长, 想用nohup run.sh &
放到后台, 同时保存运行日志nohup.out
for i in [0-9]*; #1
do
cd $i; #2
nohup run.sh &; #2
cd ../;
done
报错
因为我中间用了&
符号, 提前进入后台, 无法进入下一个循环。
如果不用&
, 那么就是顺序执行,不能批量进行。
for i in [0-9]*; #1
do
cd $i; #2
nohup run.sh; #2
cd ../;
done
for i in [0-9]*; #1
do
cd $i; #2
echo "nohup run.sh &" | bash; #2
cd ../;
done
这里, nohup一行命令, 先用echo打印, 完整的命令nohup run.sh &
,然后用| bash
执行前面的命令,这样的方式就可以实现我想达到的目的。
写成一行的代码
for i in [0-9]*; do cd $i; echo "nohup run.sh &" | bash; cd ../;done