单细胞有多火呢？七月nature海鞘九月science线虫

众所周知，单细胞水平的研究目前主要集中在发育，免疫和癌症方向，但是哪一个细分领域的CNS文章更多呢？感兴趣的朋友可以通过文本挖掘追踪最新文献，进行统计。刚才看到单细胞天地群朋友分享了2019的两篇文章，分别是七月nature的海鞘，和九月science的线虫，都是发育方向的。

从单细胞转录组数据分析的角度来说，大部分图表均可复现，但是生物学背景这一块就很头疼了，太多的专有名词。

先看看2019的九月science线虫单细胞研究

这个是货真价实的新鲜出炉了，才发表不到6天（今天是2019年09月11日），如下：

其实2017年就有一个science线虫单细胞研究

Comprehensive single-cell transcriptional profiling of a multicellular organism
全面解析多细胞生物的单细胞转录谱
Robert H. Waterston, Cole Trapnell, Jay Shendure et al.
http://science.sciencemag.org/content/357/6352/661

该研究使用组合索引单细胞测序（sci-RNA-seq）的方法，对近 5 万个 L2 期线虫细胞进行了检测。该方法根据转录谱定义了 27 种细胞类型，包括罕见的神经细胞类型。结合 ChIP-seq 发现转录因子在不同细胞型中的特异性作用。

最后看看2019的七月nature海鞘单细胞研究

这个摘抄自bioart的报道：

2019年7月11日，普林斯顿大学陈凯博士（已于2018年11月加入昆明理工大学灵长类转化医学研究院，注1）和Mike Levine院士（hox基因的共同发现者）合作在Nature杂志以长文形式发表了题为Comprehensive single-cell transcriptome lineages of a proto-vertebrate的研究论文。他们所在的研究团队以玻璃海鞘为模型，绘制了首个涵盖从三胚层分化到孵化全过程的脊索动物胚胎发育单细胞转录图谱，并成功构建了包括神经系统在内全部组织类型的细胞分化谱系。在此基础上，研究团队能够有效地探索细胞命运决定过程中的基因调控网络，并对脊索和神经系统基因调控网络的细致分析，揭示了脊索在整个脊索动物门进化过程的中间态，并提出脊椎动物特有的端脑（telencephalon）可能的新进化机制。

有没有觉得，这样的报道看了也是白看，过几天仍然是会忘记？

粗略看了文章，也是集中在差异基因，不同亚群的描述，比如附件的表格：Differentially expressed genes (DEGs) in different tissues and developmental stages

一个趋势

两篇science文章，都是一个中国人和一个外国人共同一作，一个负责实验环节一个负责生物信息学数据分析环节。

nature那个虽然没有共同一作，但是也是有共同通讯。

而且图表都是让人眼花缭乱，如果不花几个月的时间细细推敲和学习，可能会让你绝望！

怎么样可以缓解你的焦虑或者绝望呢？

实际上我没有办法，因为我自己也会有这样的感觉，不过我还是在一点一滴的学习和分享，日拱一卒！

我们在单细胞天地发布的全网第一个单细胞转录组课程，精炼了常规单细胞转录组数据分析主线，就是5大R包， scater,monocle,Seurat,scran,M3Drop，然后10个步骤：

• step1: 创建对象
• step2: 质量控制
• step3: 表达量的标准化和归一化
• step4: 去除干扰因素(多个样本整合)
• step5: 判断重要的基因
• step6: 多种降维算法
• step7: 可视化降维结果
• step8: 多种聚类算法
• step9: 聚类后找每个细胞亚群的标志基因
• step10: 继续分类

希望这个课程可以帮助你，部分帮助你！