如果这个R包真的不存在了肿么办

生信技能树

发布于 2019-09-18 17:03:22

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发布于 2019-09-18 17:03:22

有学员看了我们的甲基化芯片教程(大概是两年前)，想跟着代码来跑自己的数据，但是卡在安装R包上面，就是一个很简单的注释包(IlluminaHumanMethylation450k.db)，注释我们甲基化芯片设计的探针到对应的基因组坐标。

报错信息如下：

BiocManager::install('IlluminaHumanMethylation450k.db')
#Bioconductor version 3.9 (BiocManager 1.30.4), R 3.6.1 (2019-07-05)
#Installing package(s) 'IlluminaHumanMethylation450k.db'
#Update old packages: 'boot', 'foreign', 'nlme'
#Update all/some/none? [a/s/n]:  

#The downloaded binary packages are in
#/var/folders/tw/1zmf20b95k9f8k36bf_rlzkh0000gn/T//Rtmpxz3UuA/downloaded_packages
#Warning message:
 # package 'IlluminaHumanMethylation450k.db' is not available (for R version 3.6.1)

这是一个大名鼎鼎的 is not available 错误，翻译成为中文，就是你想安装的包在指定的R或者bioconductor版本里面不存在。学员来求助于我，下意识的我会检查他的R或者bioconductor版本，然后看是不是R包名字输入错误。

版本是：Bioconductor version 3.9 (BiocManager 1.30.4), R 3.6.1 (2019-07-05) 看起来没有问题，R包名字我也谷歌搜索了：https://www.bioconductor.org/packages//2.12/data/annotation/html/IlluminaHumanMethylation450k.db.html

但是我注意到了一行字：

Home Bioconductor 2.12 Annotation Packages IlluminaHumanMethylation450k.db
IlluminaHumanMethylation450k.db
This package is for version 2.12 of Bioconductor; for the stable, up-to-date release version, see IlluminaHumanMethylation450k.db.

也就是说，这个包是被删除了，在 https://bioconductor.org/about/removed-packages/ 可以看到是很早之前，就被删除了。