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【科研猫·绘图】缤纷版·韦恩图(带R代码分享)

前面两期的绘图课程,收到喵友们的好评如潮,倍感荣幸呀。还有不少同学在问有没有线下培训课程,科研猫已经在筹备啦,预计9月份会跟大家见面。只要是大家有需要,科研猫都会推出的。那么今天,咱们依然:小板凳排排坐,飞飞老师要开课~

想跟大家说的是,我们的教程虽然是按部就班地推出,但也支持点播哦~。前几天,有同学说想要韦恩图的教程,那么我们就来一期韦恩图吧。

韦·恩·图

定义:Venn diagram, 又称为文氏图、温氏图、维恩图、范氏图,是在所谓的集合论(或者类的理论)数学分支中,用以表示集合(或类)的一种图。用于展示在不同的事物群组(集合)之间的数学或逻辑联系,尤其适合用来表示集合(或)类之间的“大致关系”。

解读:各个集合(或类)就以圆/椭圆(的内部区域)来表示。两个圆/椭圆相交,其相交部分表示两个集合(或类)的公共元素,两个圆/椭圆不相交(相离或相切)则说明这两个集合(或类)没有公共元素。

应用场景举例计算多个组中差异基因的交集

绘制方法:使用 read.table() 函数读入不同列表的数据,构建列表list,使用R的VennDiagram包绘制不同数量的组之间的韦恩图。

绘图操作:使用科研猫提供的 韦恩图·R代码,只要提供几个参数即可:

由于我们常用的韦恩图可能涉及多个组别,如2组、3组乃至4组、5组,为了更全面地展示作图过程,更好地教会大家,我们在这里把不同组别全部做一遍。

以四组的文恩图为例,我们需要读入四个列表的数据文件,然后命名这四个数据列的名称,对代码做如下修改和设置:

1. 设置需要读入的列表1的数据文件;设置列表1的名称;

2. 设置需要读入的列表2的数据文件;设置列表2的名称;

3. 设置需要读入的列表3的数据文件;设置列表3的名称;

4. 设置需要读入的列表4的数据文件;设置列表4的名称;

然后直接全选,运行代码即可。出来的图是这样的:

相当漂亮啊,有木有?同理,如果需要2组,3组,或者5组的韦恩图,需要设置对应数量的列表文件和列表的名称即可。画出来的图是这样的:

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本文分享自微信公众号 - 科研猫(DoctorTommy),作者:小飞鼠

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2019-05-22

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