【科研猫·绘图】从网络图探寻基因互作的蛛丝马迹（2）

前面一期 从网络图探寻基因互作的蛛丝马迹（1） （此链接可入）中我们给大家讲解了网络图的构造，以及在文章当中构建网络图需要用到的两个资源：STRING数据库和Cytoscape软件。

我们还给大家出了一个研究课题：如何从100多个差异表达的基因当中快速锁定重要的关键基因。这个课题的分析步骤分了如下几个步骤：

1、从基因列表到蛋白互作；

2、从蛋白互作到互作网络；

3、从互作网络到关键基因。

今天我们先来看第一步：如何从一堆基因构建一个蛋白互作网络。

很多请公司做过类似分析的都知道，这是一个价值上千的分析项目，但是实际操作并不困难，分分钟就可以带大家搞定。不说闲话，直接上手。

【温馨提示】倾情大放送，文末视频教程，手把手教学！

Step1：准备基因列表

这个基因列表的文件说白了就是一列基因，对于基因的数量我们略作要求，在50-300个左右（具体原因，上期跟大家说过了）。在我们的学习资料中，给大家准备了这个研究课题所需的资料，其中有一个差异基因的列表。有些同学可能不知道哪里领取资料，这里再跟大家说一下，学习资料见文末，找胖雨小姐姐。

Step2：打开STRING数据库

STRING数据库的网址：https://string-db.org/。

STRING要跟大家详细的讲解一下，这是一个搜寻已知蛋白质之间和预测蛋白质之间相互作用的系统。这种相互作用既包括蛋白质之间直接的物理的相互作用，也包括蛋白质之间间接的功能的相关性，是目前最为全面、最为权威的蛋白相互作用数据库。

它除了包含有实验数据、从PubMed摘要中文本挖掘的结 果和综合其他数据库数据外，还有利用生物信息学的方法预测的结果。所应用的生物信息学的方法有：染色体临近、基因融合、系统进化谱和基于芯片数据的基因共表达等等。我们来看看他们的光房网页：

超过5000多个物种，2千多万个蛋白，20亿个蛋白互作，数据库可谓及其庞大。光“大”还不够，我们再来看看数据库的质量，STRING数据库仅仅在牛刊（NAR，Nucleic Acids Research）上就发表了7次（累计影响因子80分）：

所以说，STRING数据库可谓是“数据全，质量高”，那么怎么来使用这个数据库呢？点击STRING的官方网址进入之后，点击中间大大的“Search”就可以了。如下图：

然后就会转跳到让我们输入基因列表的页面，如下图所示，我们点击“Multiple proteins”，再依次输入我们的基因列表和物种名称即可。

然后网页会自己搜索我们提交的蛋白，我们只要点击continue即可，这个页面我就不展示了，continue之后，就会出现这些基因的互作网络图啦。整个操作还是非常简单的哦。结果页面如下图所示，上面是一个总的网络图。

我们在很多数据挖掘的文章中可以看到这个样子的图。这个网络图当中有很多彩色的点，这个颜色是随机分配没有意义的，有的点当中还有花花绿绿的蛋白质三维结构，这个对我们来说也不是非常重要，重要的是蛋白之间的连线，也就是相互作用。那么怎么输出这个图呢？

这个结果页面的下面有很多的panel，这里面蕴含了非常多的功能，其中最主要的就是Export输出，从这里面可以输出我们想要的图形和网络。那我们应该保存哪个文件呢？下图帮大家标注出来了，既可以直接输出网络图，也可以输出网络图的文本源文件，到底哪个更好呢？

对于初级分析来说，网络图就行了，但是实话实说，这个图稍微有点丑；如果需要高级的分析和美观的网络图，比如我们的研究课题中提及的，需要找到关键基因，需要发表质量的高级网络图，那么就需要源文件了。源文件是一个tsv文件，通过它，我们可以制作各种各样的网络图。

到这里，我们的研究课题的三大步：

1、从基因列表到蛋白互作；（已完成）

2、从蛋白互作到互作网络；

3、从互作网络到关键基因；

超详细操作视频

已经顺利完成第一步了，下节教程我们讲解第二步骤，如何从蛋白互作的网络文件到发表质量的网络图。

本期干货

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