从网络图探寻基因互作的蛛丝马迹（3）

前面两期（从网络图探寻基因互作的蛛丝马迹（1）；从网络图探寻基因互作的蛛丝马迹（2））中我们给大家讲解了网络图的构造，以及构建蛋白互作网络的一个权威数据库：STRING数据库。我们给大家布置了一个研究课题：如何从100多个差异表达的基因当中快速锁定重要的关键基因。按照之前的思路，这个课题分了如下几个分析步骤：1、从基因列表到蛋白互作；2、从蛋白互作到互作网络；3、从互作网络到关键基因。

第一步嘛，我们已经完成了，通过STRING数据库，我们实现了从一串基因列表到基因之间的互作关系，同时呢，也生成了一个网络图。但是这个网络图看上去不甚美观，而且不能对它做任何的调整，远远不能满足我们发表SCI的要求，那么怎么办呢？这里就要请出我们的神器了：Cytoscape。上一期教程中，我们已经详细介绍过Cytoscape的出处，可以说是稳坐网络图分析软件的头把交椅。不过还是有很多同学没有听说过或者没用过Cytoscape，今天我们就从最简单的开始，先教大家如何在自己的电脑上安装Cytoscape。

【温馨提示】倾情大放送，视频教程手把手教学！

Cytoscape的下载链接：

https://cytoscape.org/download-platforms.html。

只要根据自己的操作系统下载相应的安装包即可。如下图所示，目前最新版的是3.7.1：

正如网页中所标注的，Cytoscape的运行需要安装Java运行环境，很多人没有安装过Java，该怎么办呢？不要紧，新版的Cytoscape都会自动检测系统中的Java环境，如果没装的话，它会帮我们自动安装的哦。下面，我们就以Mac系统为例，来给大家讲解苹果电脑中Cytoscape的安装。注：完整版Mac和Windows教学视频联系文末胖雨小姐姐。

好了，本期教程到此，下期我们来教大家如何把“丑丑”的初阶版网络图变成“美美哒”高阶进化版，实现网络图的可视化操作和深度挖掘。

本期干货

Cytoscape软件及安装教程

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