前面两期(从网络图探寻基因互作的蛛丝马迹(1);从网络图探寻基因互作的蛛丝马迹(2))中我们给大家讲解了网络图的构造,以及构建蛋白互作网络的一个权威数据库:STRING数据库。我们给大家布置了一个研究课题:如何从100多个差异表达的基因当中快速锁定重要的关键基因。按照之前的思路,这个课题分了如下几个分析步骤:1、从基因列表到蛋白互作;2、从蛋白互作到互作网络;3、从互作网络到关键基因。
第一步嘛,我们已经完成了,通过STRING数据库,我们实现了从一串基因列表到基因之间的互作关系,同时呢,也生成了一个网络图。但是这个网络图看上去不甚美观,而且不能对它做任何的调整,远远不能满足我们发表SCI的要求,那么怎么办呢?这里就要请出我们的神器了:Cytoscape。上一期教程中,我们已经详细介绍过Cytoscape的出处,可以说是稳坐网络图分析软件的头把交椅。不过还是有很多同学没有听说过或者没用过Cytoscape,今天我们就从最简单的开始,先教大家如何在自己的电脑上安装Cytoscape。
【温馨提示】倾情大放送,视频教程手把手教学!
Cytoscape的下载链接:
https://cytoscape.org/download-platforms.html。
只要根据自己的操作系统下载相应的安装包即可。如下图所示,目前最新版的是3.7.1:
正如网页中所标注的,Cytoscape的运行需要安装Java运行环境,很多人没有安装过Java,该怎么办呢?不要紧,新版的Cytoscape都会自动检测系统中的Java环境,如果没装的话,它会帮我们自动安装的哦。下面,我们就以Mac系统为例,来给大家讲解苹果电脑中Cytoscape的安装。注:完整版Mac和Windows教学视频联系文末胖雨小姐姐。
好了,本期教程到此,下期我们来教大家如何把“丑丑”的初阶版网络图变成“美美哒”高阶进化版,实现网络图的可视化操作和深度挖掘。
本期干货
Cytoscape软件及安装教程
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