【科研猫·绘图】团团“圆圆”，来个不一样的月饼

月圆圆月团圆夜，团圆夜里望月圆，

月圆夜圆月圆圆，夜圆月圆夜团圆～

值此中秋佳节到来之际，“科研猫”祝大家节日快乐，还精心给大家备了一份送来圆圆的月饼。

前面三个相信都是大家想要的，最后一个是什么鬼？明显不是月饼啊喂。虽然表示不懂是个啥，但是看上去有点妖娆到摄人心魄啊。

今天，在吃月饼的同时，我们就来聊聊这个圆圆的图。这个图，有人叫它“圈图”（果然很直白），其实它有个很高级的名字，叫做（记好了）-“Circos图”。相信大家之前也在很多高级杂志中看到过这样的图片，但是会画的人并不多。下面，我们就来讲讲Circos图的前生今世，教大家如何画一个简单的Circos图。

Circos-诞生

Circos图诞生于2009年，当时是作为一个绘图工具类的文章发表在Genome Research（最新IF：9.944）上，其作者是Martin Krzywinski，可为“Circos之父”，我们姑且尊称他为“马老师”。从那时出现开始便多次出现在国际知名杂志，比如Nature、Science、Cell上。截止到2019年9月该文章已被引用将近3,500次。

马老师是涉足生物信息学、数学、物理学，虽然是个不折不扣的工科男，但是他在日常生活中是一个很有艺术细胞的人，他还是一名专业的摄影师，这也就决定了我们的马老师对于“图”这个东西是有自己非常独到的看法的。自他手中创造出来的Circos图也是一样绚丽多姿。可以看一下诸多杂志社的封面文章，很多Circos图的身影。

Circos-用途

CIrcos图其实是一个用途非常广泛的图形，可以用于表征基本上任何类型的数据，包括把我们常见的散点图、折线图等都可以整合到Circos当中。特别是，CIrcos尤其适合用来描述生物信息学和基因组学的数据（别忘了马老师本来就是做生物信息的），我们可以看一下Circos官网（http://circos.ca/）对于Circos用途的描述词频汇总：

既然，Circos图这么好用，那么我们该使用什么方法来做图呢？

Circos-做法

Circos图的绘图软件就叫Circos，直奔主题，它的做法有几种，我们从难到易给大家逐一介绍：

方法一：Perl语言

Circos是由Perl语言编写的一个非常庞大的软件，安装起来可以说相当麻烦，首先我们需要安装Perl语言，其次需要下载Circos（如需获取，也可直接联系文末客服），网址如下：

http://circos.ca/software/download/

下载好之后就是安装Circos需要的Perl模块，粗粗统计一下，Windows中的Active Perl如果要运行Circos，需要安装十几个模块。我写过大量的Perl代码，所以对Perl是及其熟悉的，但是就我这样，去安装Circos也要花费一两个小时的时间才能完全调试好。当你装好了以后要运行的话，你会发现，不好意思，没有图形界面，我们需要自己到命令行运行，而且手动修改配置文件。

所以，虽然这是运行Circos最原汁原味、而且功能最为强大的方法，画出来的图都是下面这样的，美但是不方便，但是科研猫温馨提示大家：如果Perl语言没到大神水平，千万不要尝试这种做法。

方法二：R语言

在前面我们的很多文章中都讲过R语言绘图，大家也都见识了R语言的厉害之处，而且我也曾经说过：没有R画不了的图。那么，既然大话都说下了，不能自己打了自己的脸面。

在这里给大家推荐几个R包，可以用来做Circos图。

• circlize
• RCircos

具体的代码就不贴出来了，做图来的图是这样色儿的：

在R语言当中画图还算是方便的，不过也要写代码，貌似图不是很美，所以不美也不方便。

方法三：Circos Table Viewer

这个是Circos官方的在线画图工具，网址如下：

http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/

这个是目前为止最为简洁的方法，最要上传一个表格就能画图啦，非常简单哦，下面我们就来跟大家一起操作一下，我们举一个最简单的例子。

• 例题
• 我们计算了8个基因之间的相关系数，推测他们之间的功能是否有相互作用，有了下面一个表格（由于Circos Tableviewer不接受小数，所以用相关系数*1000表示），现在需要进行可视化做图：

如果是给你这个表格，你该用什么图来描述这些相关性数值呢？箱线图？折线图？散点图？饼图？抑或是热图？貌似都不是很合适啊。这个时候我们来看看Circos图该怎么画。

Step1

进入网站：

http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/

打开来是这样的。

Step2

准备数据（如需测试数据，文末联系胖雨小姐姐）。我们的数据非常简单，只需要放到文本文件中，用空格或者制表符（Tab键）隔开就行，如下图所示。

Step3

点击上传文件，然后点击“Visualiza Table”即可。做图来的图片如下，还可以支持矢量图下载哦。

是不是很简单，很方便呢？好的，关于Circos图我们就先讲到这里，大家应该都可以做出来的。再次祝福大家中秋快乐，团团圆圆！

中秋福利！

本期干货

Circos软件及绘图资料

原文详情：“科研猫”公众号

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