MotifStack：多motif序列比较和可视化

授权转载自 SimonCat。

最近大量跑chip-seq，看到一篇2016Cell的文章《Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape》感觉图3好惊艳。

找了下材料和方法，发现是一个叫MotifStack（http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/motifStack.html）的包画的。

什么是motif？

Motif是在生物学中是一个基于数据的数学统计模型，典型的是一段sequence也可以是一个结构。如转录因子倾向于结合某些特定的序列。把这个R包和数据下载下来自己画一下，它motif的测试数据是pcm格式的文本。MotifStack 还有一些motif格式转换的函数。（Cell重磅综述：关于人类转录因子，你想知道的都在这）

motif的格式是什么？

Chip-seq鉴定出的motif，是一个ATCG的序列矩阵。对于这个字母矩阵，目前主流Motif的序列格式主要有JASPAR\MEME\RAW PFM。此外JASPAR数据库 (http://jaspar.genereg.net/) 提供了转录因子与DNA结合位点motif最全面的公开数据，共收集了脊椎动物、植物、昆虫、线虫、真菌和尾索动物六大类不同类生物的数据 （AnimalTFDB 动物转录因子注释和预测的综合资源库）。

1 Single motif log

2 Affinity motif log

需要画出双链。

3 Stacked motif

当要画多个motif以堆积起来，对不同的motif进行距离计算构建进化树。导入的数据文件是单个motif一个pcm文件，通过file.path命令读取整个目录

4 Circle motif

设置layout的格式，可以设置成环形，有点像circles

原文：https://mp.weixin.qq.com/s/hiXEgwwgtKGxFhMawtg3fQ