TCGA是研究肿瘤相关机制的重要资源。在线数据库更新改版都比较快,使用时需要参照最新的线上数据教程。不过癌症相关的数据库操作起来也都比较类似,输入一个或多个关注的目的基因,查看基因的功能注释,基因在哪些样品中存在突变,突变位点的分布,共表达网络,生存分析等。
本系列包括了TCGA
本站中数据的浏览、下载,尤其是TCGA改版后的功能介绍(增加了OncoGrid
展示),然后是cBioPortal
,TCGA数据在线提供的分析类型最多的一个平台,再是FIREBROWSE
,比较不错的在线展示和方便的数据下载功能。
BROAD开发的TCGA分析平台,强大的下载功能。
特定基因表达谱查询
类似于OncoGrid显示特定癌症中没Mb的突变率、突变类型、基因突变类型的分布。
FIREBROWSE的特色是提供了比较多类型的关联分析。
数据分析方法描述、下载
把基因根据表达量的四分位数分为4组之后的生存分析结果
数据整体下载,FIREBROWSE提供了一个脚本工具,可以按需下载