HCMDB介绍及使用方法

最近发现了一个专门收集整理了肿瘤转移数据的数据库工具——HCMDB，网址：http://hcmdb.i-sanger.com/index。该工具由华东师范大学的董东教授于2017年发表于著名的《Nucleic Acids Research》，影响因子11.147分。

这个神器收集了GEO和TCGA上29种肿瘤，45种肿瘤亚型，38个转移部位，共124个数据集和7081篇文献的信息。其中表达数据涵盖了mRNA、miRNA、lncRNA， 真香！

下面我给大家简单介绍一下网站的使用，网站的主页如下：可以直接在“Quick Search”直接搜索你想要找的基因。

或者在绿色的“Search”栏里放入你要搜索的内容，可以混合搜索不同类型的RNA。也有多种格式的基因名供你选择，包括ENSEMBL，RefSeq，NCBI Entrez gene ID，uniprot ID。然后点击“Submit”

然后在搜索结果界面会展示上面搜索内容的结果，整个页面每次只会展示一个RNA，点击哪个字体加粗，然后在后面展示出来。我们以“CDKN2A”为例。

网页会展示基因的概览

先前研究对这个基因参与肿瘤转移的描述（这个真是好，简单直接的文献证据）

接下来展示了这个基因在不同研究中的表达。点击“Cancer Name”的栏目可以选择你要研究的肿瘤，点击“Filter”后开始筛选。图中的“DIFF”表示有差异表达，“NOT”当然就是不显著了，点击那个图标，可以跳出差异表达的box图，还有共表达的结果。

点击“Exp ID”栏下的蓝色字体可以跳转到对单项研究的结果展示部分：

先是会展示一个概览

然后会展示该研究的差异表达内容，包括pvalue，FDR，log(FC)和热图。

点击DEG_function，会展示该研究里的差异表达基因富集到的通路，把鼠标放在圈圈上，可以展示通路的详细信息，包括通路的分类、名称、富集分数、pvalue等。

然后可以在Network部分可以展示差异表达基因的网络图，包括mRNA-mRNA和mRNA-lncRNA两种，点击右上角的图标可以展示不同的展示风格。也可以保存图片。

除了根据基因进行筛选，还可以在Browse开启你的探索之路，选择研究的肿瘤、过滤样本数、选择RNA类型，这些都一气呵成。当然，研究肿瘤的时候常常也会重点关注一些特殊的转移部位， 比如肠癌的肝转移。

工具的介绍就到这里了，这个工具的数据量真的非常可以了，使用起来对用户也比较友好，笔者花了10分钟就基本搞清楚用法了。

工欲善其事必先利其器，祝大家都能利用好这个工具，发出好文章！