手把手教你学会森林图绘制
大家好，今天我们来讲一讲用R做森林的方法。森林图在R中最方便的实现方法是使用“forestplot”包。
下面进入正题。
01
安装加载包，设置工作路径
install.packages("forestplot")
library(forestplot)
setwd("C:\\Users\\***")02
使用无意义的数据集认识forestplot函数
Forestplot函数需要传入两个数据，第一个数据是显示在图片上的所有文本，包括标签和数字；第二个数据是置信区间的数据，包括均值、左右置信区间坐标。这部分数据必须是数值格式，他们不会以文字出现，只是用来“定位”置信区间的。
下面以测试数据“ceshi0.csv”为例演示一个最原始的森林图。
data <- read.csv("ceshi0.csv",header = TRUE) # 读入数据文件
txt <- data[,c(1:3)] # 将数据文件的1-3列设置为“txt”数据框，即文本部分
hr <- data[,c(4:6)] # 将数据文件的4-6列设置为“hr”数据框，即HR数据部分。置信区间数据顺序为：mean、lower、upper，别搞错了。
forestplot(txt,hr) # 作图。至少传入两个参数，前者为文本，后者为HR数据。
03
下面我们使用正式的数据集一步步完成森林图
读入数据和数据的拆分部分同上。
forestplot(txt,hr) #作图，输出如下图。
我们把置信区间图（以下称图）的位置挪到中间来，顺便增加一条zero线。
forestplot(txt,
hr,
graph.pos = 3, # 图的位置在第几列，如：3代表图在第2列后第几出现。
zero = 1.5, # zero线位置，可以同时设置多条，如zero = c(0.98, 1.02)
)
forestplot(txt,
hr,
graph.pos = 3, # 图的位置在第几列，如：3代表图在第2列后第几出现。
zero = 1.5, # zero线位置.可以同时设置多条，如zero = c(0.98, 1.02),
is.summary=c(TRUE,rep(FALSE,14),TRUE), #是否突出显示。传入一个长度等于图表行数的向量，下标为TRUE的行会被加粗，且该行上下会添加一条直线，但在未设置颜色时不显示。
hrzl_lines = gpar(col="red"), #线的颜色。默认作用于summary上下。
)
也可以任意指定某行是否有横线，指定线占哪几列，并指定线的主题（线型、粗细、颜色）。
forestplot(txt,
hr,
graph.pos = 3, # 图的位置在第几列，如：3代表图在第2列后第几出现。
zero = 1.5, # zero线位置.可以同时设置多条，如zero = c(0.98, 1.02),
is.summary=c(TRUE,rep(FALSE,14),TRUE), #是否突出显示。传入一个长度等于图表行数的向量，下标为TRUE的行会被加粗，且该行上下会添加一条直线，但在未设置颜色时不显示。
# hrzl_lines = gpar(col="red"), #线的颜色。默认作用于summary上下。
hrzl_lines = list("4" = gpar(lty=2),
"5" = gpar(lty=2),
"14" = gpar(lwd=1, columns=c(1,4), col = "red"),
"16" = gpar(lwd=1, columns=2:4, col = "red")), # 可以对每条线设置位置、宽度占几列、颜色线型等。颜色也可以在颜色集中统一设置。注意引号内的数字是指定有直线的行号，不要担心引号，R可以识别的。
接下来增加两条辅助线，并且设置x轴范围，
forestplot(txt,
hr,
graph.pos = 3, # 图的位置在第几列，如：3代表图在第2列后第几出现。
zero = 1.5, # zero线位置.可以同时设置多条，如zero = c(0.98, 1.02),
is.summary=c(TRUE,rep(FALSE,14),TRUE), #是否突出显示。传入一个长度等于图表行数的向量，下标为TRUE的行会被加粗，且该行上下会添加一条直线，但在未设置颜色时不显示。
hrzl_lines = gpar(col="red"), #线的颜色。默认作用于summary上下。
grid = structure(c(0.5,2.5), gp = gpar(col = "black", lty=2)), #增加一条或=/多条辅助线，并设置辅助线的颜色、线型、粗细
lty.ci = 1, # HR线（穿过box的直线）的线型，默认为1（实直线）
clip=c(0,5), # 设置x轴的范围，若置信区间落在设定的范围外，则用箭头表示
ci.vertices = TRUE, # 穿过box的线段两端是否带下垂线，默认FALSE。
ci.vertices.height = 0.1, #可是设置线段两端垂线的长度。
可以设置box的类型和大小（颜色可以放在最后统一调节）：
forestplot(txt,
hr,
graph.pos = 3, # 图的位置在第几列，如：3代表图在第2列后第几出现。
zero = 1.5, # zero线位置.可以同时设置多条，如zero = c(0.98, 1.02),
is.summary=c(TRUE,rep(FALSE,14),TRUE), #是否突出显示。传入一个长度等于图表行数的向量，下标为TRUE的行会被加粗，且该行上下会添加一条直线，但在未设置颜色时不显示。
hrzl_lines = gpar(col="red"), #线的颜色。默认作用于summary上下。
# hrzl_lines = list("4" = gpar(lty=2),
# "5" = gpar(lty=2),
# "14" = gpar(lwd=1, columns=c(1,4), col = "red"),
# "16" = gpar(lwd=1, columns=2:4, col = "red")), # 可以对每条线设置位置、宽度占几列、颜色线型等。颜色也可以在颜色集中统一设置。注意引号内的数字是指定有直线的行号，不要担心引号，R可以识别的。
grid = structure(c(0.5,2.5), gp = gpar(col = "black", lty=2)), #增加一条或=/多条辅助线，并设置辅助线的颜色、线型、粗细
lty.ci = 1, # HR线（穿过box的直线）的线型，默认为1（实直线）
clip=c(0,5), # 设置x轴的范围，若置信区间落在设定的范围外，则用箭头表示
ci.vertices = TRUE, # 穿过box的线段两端是否带下垂线，默认FALSE。
ci.vertices.height = 0.1, #可是设置线段两端垂线的长度。
fn.ci_norm = fpDrawCircleCI, # box的样式，默认为方块fpDrawCircleCI，summary默认为菱形fpDrawDiamondCI.可选项：fpDrawNormalCI、fpDrawDiamondCI、fpDrawCircleCI、fpDrawPointCI、fpDrawSummaryCI、fpDrawBarCI。
boxsize = 0.5, # 设置box的大小
)
然后我们为x轴和整个图标增加标题，再手工标记一下x轴的刻度。
forestplot(txt,
hr,
graph.pos = 3, # 图的位置在第几列，如：3代表图在第2列后第几出现。
zero = 1.5, # zero线位置.可以同时设置多条，如zero = c(0.98, 1.02),
is.summary=c(TRUE,rep(FALSE,14),TRUE), #是否突出显示。传入一个长度等于图表行数的向量，下标为TRUE的行会被加粗，且该行上下会添加一条直线，但在未设置颜色时不显示。
hrzl_lines = gpar(col="red"), #线的颜色。默认作用于summary上下。
# hrzl_lines = list("4" = gpar(lty=2),
# "5" = gpar(lty=2),
# "14" = gpar(lwd=1, columns=c(1,4), col = "red"),
# "16" = gpar(lwd=1, columns=2:4, col = "red")), # 可以对每条线设置位置、宽度占几列、颜色线型等。颜色也可以在颜色集中统一设置。注意引号内的数字是指定有直线的行号，不要担心引号，R可以识别的。
grid = structure(c(0.5,2.5), gp = gpar(col = "black", lty=2)), #增加一条或=/多条辅助线，并设置辅助线的颜色、线型、粗细
lty.ci = 1, # HR线（穿过box的直线）的线型，默认为1（实直线）
clip=c(0,5), # 设置x轴的范围，若置信区间落在设定的范围外，则用箭头表示
ci.vertices = TRUE, # 穿过box的线段两端是否带下垂线，默认FALSE。
ci.vertices.height = 0.1, #可是设置线段两端垂线的长度。
fn.ci_norm = fpDrawCircleCI, # box的样式，默认为方块fpDrawCircleCI，summary默认为菱形fpDrawDiamondCI.可选项：fpDrawNormalCI、fpDrawDiamondCI、fpDrawCircleCI、fpDrawPointCI、fpDrawSummaryCI、fpDrawBarCI。
boxsize = 0.5, # 设置box的大小
xlog=FALSE, # 是否设置x轴为对数坐标轴，默认否。
xlab = "Lab axis txt", # x轴标题
xticks = c(1,2,3,4,4.5,4.75,5), #设置x轴ticks, # 标题
)
最后设置一下七七八八的主题，就完工了。
forestplot(txt,
hr,
graph.pos = 3, # 图的位置在第几列，如：3代表图在第2列后第几出现。
zero = 1.5, # zero线位置.可以同时设置多条，如zero = c(0.98, 1.02),
is.summary=c(TRUE,rep(FALSE,14),TRUE), #是否突出显示。传入一个长度等于图表行数的向量，下标为TRUE的行会被加粗，且该行上下会添加一条直线，但在未设置颜色时不显示。
hrzl_lines = gpar(col="red"), #线的颜色。默认作用于summary上下。
# hrzl_lines = list("4" = gpar(lty=2),
# "5" = gpar(lty=2),
# "14" = gpar(lwd=1, columns=c(1,4), col = "red"),
# "16" = gpar(lwd=1, columns=2:4, col = "red")), # 可以对每条线设置位置、宽度占几列、颜色线型等。颜色也可以在颜色集中统一设置。注意引号内的数字是指定有直线的行号，不要担心引号，R可以识别的。
grid = structure(c(0.5,2.5), gp = gpar(col = "black", lty=2)), #增加一条或=/多条辅助线，并设置辅助线的颜色、线型、粗细
lty.ci = 1, # HR线（穿过box的直线）的线型，默认为1（实直线）
clip=c(0,5), # 设置x轴的范围，若置信区间落在设定的范围外，则用箭头表示
ci.vertices = TRUE, # 穿过box的线段两端是否带下垂线，默认FALSE。
ci.vertices.height = 0.1, #可是设置线段两端垂线的长度。
fn.ci_norm = fpDrawCircleCI, # box的样式，默认为方块fpDrawCircleCI，summary默认为菱形fpDrawDiamondCI.可选项：fpDrawNormalCI、fpDrawDiamondCI、fpDrawCircleCI、fpDrawPointCI、fpDrawSummaryCI、fpDrawBarCI。
boxsize = 0.5, # 设置box的大小
xlog=FALSE, # 是否设置x轴为对数坐标轴，默认否。
xlab = "Lab axis txt", # x轴标题
xticks = c(0,1,2,3,4,4.5,4.75,5), #设置x轴ticks
, # 标题
lwd.xaxis = 2, # 设置x轴宽度
lwd.zero = 2,# 设置zero线宽度
lwd.ci = 2,# 设置HR线宽度
lineheight = unit(0.05, "npc"), # 设置行高。默认为"auto"
graphwidth = unit(0.4, "npc"), # 图形宽度，默认自动调节.注意这里的宽度是HR图的宽度，不是整个图的宽度。
colgap = unit(0.01,"npc"), #列之间的间距，0-1之间的数值，npc表示“占视窗的比例”
col=fpColors(box="royalblue",line="darkblue", summary="royalblue"), # 集中设定颜色
# txt_gp = fpTxtGp(label = gpar(fontfamily = "Hershey")), # 设置字体.建议不要在此处设置字体，因为此处调用的device可能会不支持设置的字体。
)
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原始发表：2019-11-04，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除
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