LnCeVar：高逼格的lncRNA相关ceRNA分析神器

今日，师兄说给我推荐一款神器——“LnCeVar”，我便迫不及待的上了PUBMED......

首先，我们看看神器主页吧，里面有一个快速搜索框。

下拉页面，可以看到一堆分析工具。

例如，我们选择LncRNA“NEAT1”输入搜索框，点击搜索。另外，输入的关键字也可以是任何基因组变异（SNP，突变和CNV），ceRNA（lncRNA，miRNA和mRNA），疾病，细胞系，细胞带，重要基因位点等。

弹出“NEAT1”参与的ceRNA事件。

我们点开其中一个“mutation-ceRNA events”查看，可以点左侧框内进行下载，也可以点右侧框内工具进行可视化。

另一种搜索是浏览器模式，可以按基因组变异，疾病，lncRNA，miRNA，位置等浏览LnCeVar数据库，自己尝试。

下面我要说的是今天的重头戏——7大分析工具：

1

LnCeVar-Function

功能富集分析。输入“NEAT1”，点击“search”。

结果是以GO和KEGG分析的条图展示。

2

LnCeVar-Hallmark

识别与变异-ceRNA事件相关的失调的癌症标志。

点击“search”后结果展示如下。

3

LnCeVar–Survival

执行COX回归分析并生成变异-ceRNA事件的生存曲线。输入相应的ceRNA网络因子，选择疾病，点击“search”。

COX生存分析：

生存曲线，beautiful!

4

LnCeVar-Network

可以识别并可视化变异的ceRNA网络。

ceRNA网络迅速生成。

5

LnCeVar-Cluster

提供了不同的lncRNA和ceRNA之间的关系。选择疾病和标志事件。

一张生成lncRNA之间的关系图

另一张生成的图则是lncRNA与其竞争性mRNA的关系图

6

LnCeVar-BLAST

用户通过明确的序列查询数据库。

7

LnCeVar-Browser

是一个基于Web的基因组浏览器，可动态显示包括参考序列，基因组变异，ceRNA转录本和miRNA结合位点。需要输入染色体号和序列的区间。

便可在线浏览基因组的信息。

最后，总结一下神器的工作流程：

工作流程(以NEAT1示例)：

（A）以NEAT1为例的搜索模块接口。 （B）浏览模块和人体图的界面。 （C）通过搜索和浏览NEAT1得到的数据表。 （D）NEAT1-变异-ceRNA事件的基本信息和miRNA结合状态。 （E）基于GO和KEGG的NEAT1的功能分析。 （F）基于相关生物学过程的NEAT1的标志性事件分析。 （G）受基因组变异干扰的所有可能的与NEAT1相关的ceRNA相互作用的全局视图。 （H）与NEAT1相关的ceRNA的生存分析和Kaplan-Meier生存曲线。 （I）不同样本和人群中NEAT1基因组变异的分布。 （J）NEAT1和相关ceRNA的关系分析。 （K）LnCeVar-BLAST和LnCeVar-Browser接口分别用于自定义序列搜索和基因组搜索。

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