肿瘤预后基因筛选神器：Survival_Analysis_Terminator.R

上一期的教程给大家讲解了批量对TCGA中的基因进行生存分析的第一步。主要内容为：如何通过cBioportal去下载TCGA中的数据和患者的表型数据，然后通过R语言做了一个生存分析的KM图。本期，带领大家认识一下一次性进行成百上千个基因生存分析的黑科技。

大部分科研的套路都是从一个表型出发，筛出一个有意义的基因，然后对其进行深入的挖掘和功能实验。但是如何才能筛选到真正重要的目标基因呢？这个问题困扰着很多人。作为一名临床科研工作者，如果一个分子能够跟患者预后扯上关系，那么文章的档次立刻就上来了。如果我们能分分钟完成数百上千个基因的生存分析，那么以后的“筛基因”“找靶点”是不是就有了指路明灯了呢？有木有一点小激动呢~

科研猫团队生信分析团队推出全网首个批量进行TCGA生存分析的程序，只要输入你想分析的基因列表，下载相关肿瘤的数据文件，运行代码即可。我们给这个程序命名为Survival_Analysis_Terminator.R，没错就是“终结者”系列，一个代码，终结所有相关问题，无需求助其他软件。

为了演示，我在这里提交了500个基因，总运行时长仅3分多钟！是不是很心潮澎湃嗯？先来看个操作演示视频，这次配了音效，还挺燃的呢

代码运行后，会生成如下的三个结果文件：

1） 1.LogRank.Pvalues.csv，包括500个基因的生存分析Log-rank test的P值。

2） 2.Kaplan-Meier_plots.pdf，500个基因的KM图。你没看错，是一个500张高清矢量大图的pdf文件。

3） 3.KM_plots_with_significant_Pvalues文件夹，这个文件夹中包括数据所有log-rank test之后P值显著的所有基因的KM图，是tiff格式，方便大家写文章使用，可直接放到paper里面。

这三个文件和文件夹的截图如上图所示。所有分析都是自动化完成，无需修改任何代码。

为了完成这个代码，【科研猫】的整个生信团队付出了诸多心血，要知道这样的一个代码，就可以作为某些小型生物公司数据分析服务的技术核心。包括之前的所有代码和教程（GEO数据库挖掘、功能富集分析气泡图等），如果外包给公司做成case，每次分析费用至少2000+。

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