专栏首页育种数据分析之放飞自我将多个性状画一张箱线图上R实战

将多个性状画一张箱线图上R实战

一个小栗子。

1. 示例数据

数据描述: 第一列是品种 其它列为观测值,y1,y2…

目的: 相对每一个性状做箱线图,同时显示在一个图上面,横坐标为性状。

> head(dd)
    Cul    y1    y2    y3 y4  y5  y6  y7  y8
1 80001 0.334 0.405 0.358 29 130 239 420 630
2 80002 0.348 0.393 0.365 24 107 242 410 600
3 80004 0.354 0.429 0.379 19  82 180 300 500
4 80005 0.335 0.408 0.363 46 168 301 510 700
5 80008 0.322 0.372 0.332 33 135 271 470 670
6 80026 0.359 0.450 0.392 30 132 258 390 570

效果图:

2. 操作方法

2.1 转化数据

使用data.table的melt函数,将数据进行转化:

re = melt(dd,id = 1)

数据类型:

  • 第一列为品种
  • 第二列为性状
  • 第三列为值。
> head(re)
    Cul variable value
1 80001       y1 0.334
2 80002       y1 0.348
3 80004       y1 0.354
4 80005       y1 0.335
5 80008       y1 0.322
6 80026       y1 0.359

2.2 作图

boxplot(value ~ variable,re)

效果:

3. 进阶

想要更好看的图,可以看看ggplot2的操作:

library(ggplot2)
ggplot(re, aes(x=variable, y=value, fill=variable)) + 
  geom_boxplot()

效果:

本文分享自微信公众号 - 育种数据分析之放飞自我(R-breeding),作者:邓飞2013

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2019-11-15

本文参与腾讯云自媒体分享计划,欢迎正在阅读的你也加入,一起分享。

我来说两句

0 条评论
登录 后参与评论

相关文章

  • 表型相关系数与标准误

    我回答:“R中默认的函数有cor计算相关系数,标准误的话估计要用重抽样去操作?,但是很少有人会计算标准误这个数值。”

    邓飞
  • Linux中xargs的使用方法

    解决方法, 使用两步法, 第一步将echo的对象, 进行分割, 一个对象一行, 使用xargs -n1

    邓飞
  • 线性混合模型系列五:REML实战

    宁超在他的公众号“Pythn与数量遗传学”的“方差组分估计之约束最大似然”文章中,给出了下面两种计算公式,公式一是直接似然函数(direct REML),公式...

    邓飞
  • SCF VS Code 实践:基于腾讯云scf和对象存储cos实现的图床。

    clone本仓库或者下载zip包直接上传腾讯云无服务器云函数也可(这里强烈推荐下腾讯云云函数产品的命令行工具SCF CLI)

    用户1618303
  • React 状态、事件与动态渲染

    例子中使用map方法将每个元素的值*2,最后得到的数组为:[2, 4, 6, 8, 10]。在React中,处理组件数组的方式与之类似。

    随风溜达的向日葵
  • React学习(3)——列表、键值与表单 原

        例子中使用map方法将每个元素的值*2,最后得到的数组为:[2, 4, 6, 8, 10]。在React中,处理组件数组的方式与之类似。

    随风溜达的向日葵
  • python3 pickle模块详解

    python程序运行中得到了一些字符串,列表,字典等数据,想要长久的保存下来,方便以后使用,而不是简单的放入内存中关机断电就丢失数据。python模块大全中pi...

    周小董
  • React 列表、键值与表单

    例子中使用map方法将每个元素的值*2,最后得到的数组为:[2, 4, 6, 8, 10]。在React中,处理组件数组的方式与之类似。

    随风溜达的向日葵
  • nginx的配置笔记

    nginx中每一个host都会被包含在一个server{}中,在编写nginx规则时,它支持一些基本的正则。

    meteoric
  • VVC编码进展:码率降低,速度仍需提升

    https://medium.com/@ewoutterhoeven/a-quick-and-dirty-look-at-vvc-16e8c2c56512 ...

    LiveVideoStack

扫码关注云+社区

领取腾讯云代金券