专栏首页生信技能树为什么清华源的R镜像恰好缺了rvest包呢

为什么清华源的R镜像恰好缺了rvest包呢

因为在中国大陆安装R包,通常是切换镜像的,我会首先推荐清华的镜像给学生们,切换镜像的代码如下:

options()$repos 
options()$BioC_mirror
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options()$repos 
options()$BioC_mirror

最近在Ubuntu里面安装R包 tidyverse:,发现报错:

During startup - Warning message:
Setting LC_CTYPE failed, using "C"
ERROR: dependency 'rvest' is not available for package 'tidyverse'
* removing '/home/ubuntu/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/tidyverse'

原来是有一个依赖包,名字是rvest,缺失了。安装以往的惯例,缺啥就安装啥呗;

trying URL 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/contrib/rvest_0.3.4.tar.gz'
Error in download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) :
  cannot open URL 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/contrib/rvest_0.3.4.tar.gz'
In addition: Warning message:
In download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) :
  cannot open URL 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/contrib/rvest_0.3.4.tar.gz': HTTP status was '404 Not Found'
Warning in download.packages(pkgs, destdir = tmpd, available = available,  :
  download of package 'rvest' failed

然后发现诡异的报错,是这个包无法被下载,这个时候我没有紧张,下意识的认为是清华镜像问题,所以我重新下载;

> install.packages('rvest')
Installing package into '/home/ubuntu/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6'
(as 'lib' is unspecified)
trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/rvest_0.3.5.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 1129355 bytes (1.1 MB)
==================================================
downloaded 1.1 MB

发现的确就没有问题了。

再次安装tidyverse也成功了。

这个下意识到底是怎么样的一个思考过程,我很难描述出来!

更多R学习

我在在生信分析人员如何系统入门R(2019更新版) 里面给初学者的知识点路线图如下:

  • 了解常量和变量概念
  • 加减乘除等运算(计算器)
  • 多种数据类型(数值,字符,逻辑,因子)
  • 多种数据结构(向量,矩阵,数组,数据框,列表)
  • 文件读取和写出
  • 简单统计可视化
  • 无限量函数学习

本文分享自微信公众号 - 生信技能树(biotrainee),作者:生信技能树

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2019-11-18

本文参与腾讯云自媒体分享计划,欢迎正在阅读的你也加入,一起分享。

我来说两句

0 条评论
登录 后参与评论

相关文章

  • 如果表达矩阵被归一化会发生什么

    事情起源于,某个吃了很多汉堡王一起学习的日子,技能树一众学徒一起学习从GEO数据挖掘到limma差异分析等等等。

    生信技能树
  • 解读SRA数据库规律一文就够

    一般的文章里面会给出数据地址,如下:根据文章的GSE号进入GEO数据库里面,就可以看到其对应的SRA数据库ID号。

    生信技能树
  • 跨越了6个阶段,我仍然是生物信息学初学者

    这一期是我在朋友圈看到了我们单细胞天地常驻编辑周运来的真情流露,邀请他投稿的我们生信故事会栏目:

    生信技能树
  • Angularjs下拉联动(2)

    治电小白菜
  • 中文分词之结巴分词~~~附使用场景+demo(net)

    常用技能(更新ing):http://www.cnblogs.com/dunitian/p/4822808.html#skill 技能总纲(更新ing):htt...

    逸鹏
  • expect命令在linux下实现批量ssh免密

    有时候我们需要批量发送ssh命令给服务器,但是有可能有些服务器是新加入的,还没有配置ssh免密,这个时候就会提示我们输入yes/no 或者password等,e...

    砸漏
  • 计划任务 crontab、at

    * * * * * sleep 10; php /home/php/crontab/tolog.php

    以谁为师
  • Python爬取京东笔记本电脑,来看看那个牌子最棒

    二、知识要求三、过程分析1.观察主页面和每个电脑界面的网址2.寻找每个电脑的id3.找到存放电脑的价格和评论数的信息4.爬取信息的思路四、urllib模块爬取京...

    小小詹同学
  • Python爬虫Scrapy爬西刺代理网站匿名ip

    Coxhuang
  • Scrapy设置User-Agent和proxy代理

    Coxhuang

扫码关注云+社区

领取腾讯云代金券