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为什么清华源的R镜像恰好缺了rvest包呢

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生信技能树
发布2019-11-20 14:15:35
2.2K0
发布2019-11-20 14:15:35
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文章被收录于专栏:生信技能树生信技能树

因为在中国大陆安装R包,通常是切换镜像的,我会首先推荐清华的镜像给学生们,切换镜像的代码如下:

代码语言:javascript
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options()$repos 
options()$BioC_mirror
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options()$repos 
options()$BioC_mirror

最近在Ubuntu里面安装R包 tidyverse:,发现报错:

代码语言:javascript
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During startup - Warning message:
Setting LC_CTYPE failed, using "C"
ERROR: dependency 'rvest' is not available for package 'tidyverse'
* removing '/home/ubuntu/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/tidyverse'

原来是有一个依赖包,名字是rvest,缺失了。安装以往的惯例,缺啥就安装啥呗;

代码语言:javascript
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trying URL 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/contrib/rvest_0.3.4.tar.gz'
Error in download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) :
  cannot open URL 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/contrib/rvest_0.3.4.tar.gz'
In addition: Warning message:
In download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) :
  cannot open URL 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/contrib/rvest_0.3.4.tar.gz': HTTP status was '404 Not Found'
Warning in download.packages(pkgs, destdir = tmpd, available = available,  :
  download of package 'rvest' failed

然后发现诡异的报错,是这个包无法被下载,这个时候我没有紧张,下意识的认为是清华镜像问题,所以我重新下载;

代码语言:javascript
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> install.packages('rvest')
Installing package into '/home/ubuntu/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6'
(as 'lib' is unspecified)
trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/rvest_0.3.5.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 1129355 bytes (1.1 MB)
==================================================
downloaded 1.1 MB

发现的确就没有问题了。

再次安装tidyverse也成功了。

这个下意识到底是怎么样的一个思考过程,我很难描述出来!

更多R学习

我在在生信分析人员如何系统入门R(2019更新版) 里面给初学者的知识点路线图如下:

  • 了解常量和变量概念
  • 加减乘除等运算(计算器)
  • 多种数据类型(数值,字符,逻辑,因子)
  • 多种数据结构(向量,矩阵,数组,数据框,列表)
  • 文件读取和写出
  • 简单统计可视化
  • 无限量函数学习
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原始发表:2019-11-18,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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