RNA-seq这样的测序数据也可以的啊!
比如这篇Published: 12 March 2019的文章:Identification of Key Long Non-Coding RNAs in the Pathology of Alzheimer’s Disease and their Functions Based on Genome-Wide Associations Study, Microarray, and RNA-seq Data 就采取了挖掘RNA-seq这样的测序数据的策略。
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这样得到的差异分析结果,再去表达芯片里面去验证;
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这样的两个组的样本进行差异分析,然后走标准分析流程,火山图,热图,GO/KEGG数据库注释等等。这些流程的视频教程都在B站和GitHub了,目录如下:
比如拿某一组的样本与剩余其它组所有样本进行比较,这样的差异分析策略还是蛮流行的!我前面在生信技能树也写过教程:如果你的分组比较多,差异分析策略有哪些?
最近看到一篇文献 Nucleic Acids Res. 2013 Nov;,题目是Identifying subgroup markers in heterogeneous populations 也提到了这个情况;
Instead, a subgroup of samples in one group shows differential behavior with respect to all other samples.
所以他们提出来了 Detection of Imbalanced Differential Signal (DIDS) 算法:
细读表达芯片的公共数据库挖掘系列推文 ;