ncRNA-eQTL:eQTL与ncRNA的碰撞

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ncRNA-eQTL数据库专注于研究不同肿瘤中调控ncRNA表达量的eQTL, 通过TCGA数据库获取不同肿瘤中的SNP分型信息，以及lncRNA和miRNA的表达量，然后通过eQTL分析将二者结合起来。

除了传统意义上的cis-eQTL和trans-eQTL外，该数据库还从以下两个方面进行了创新

1. 将eQTL和生存分析相结合，以SNP位点的不同分型结果为分类因素，进行生存分析，筛选生存相关的SNP位点，对应的SNP-ncRNA eQTL命名为Survival-eQTL
2. 将eQTL和GWAS相结合，对于GWAS识别到的显著SNP位点，根据其LD信息，分析与risk SNP以及其LD区域存在overlap的eQTL, 命名为GWAS-eQTL

相关的文章发表在Nucleic Acids Research杂志上，链接如下

Nucleic Acids Research

数据库网址如下

http://ibi.hzau.edu.cn/ncRNA-eQTL/index.php

构建的pipeline示意如下

从TCGA获取SNP分型结果，lncRNA和miRNA的表达量，样本的临床信息；从GWAS catalog获取GWAS 分析结果。

对于SNP分型结果，采用IMPUTE2进行填充，并根据填充的质量值，MAF, missing rate, 哈温平衡等指标进行过滤；对于lncRNA和miRNA的表达量，过滤掉低表达之后进行归一化。

采用matrixEQTL进行cis和trans eQTL分析，并与Survival和GWAS分析的显著SNP位点取交集。

lncRNA和mRNA相关的eQTL结果分为了两个主页进行展示，可以在菜单栏快速切换。以lncRNA为例，分为了以下4部分

1. Cis-eQTL

结果示意如下

点击box plot可以查看不同基因型中基因表达量分布的箱体图，示意如下

2. Trans-eQTL

结果示意如下

3. Survival-eQTL

结果示意如下

点击KM plot可以查看对应的生存曲线，示意如下

4. GWAS-eQTL

结果示意如下

通过该数据库，可以检索和查看ncRNA eQTL信息，更重要的是，将eQTL与生存分析，GWAS相结合的分析思路值得我们借鉴。

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