CCLE全称如下
Cancer Cell Line Encyclopedia
是由Broad Institute研究所牵头发起的一项肿瘤基因组学研究项目,收集整理了1000多个肿瘤细胞系的组学数据,包含了以下类别
该数据库的网址如下
https://portals.broadinstitute.org/ccle
简单注册之后就可以查看其中的数据,最新版本共包含了1457个细胞系的相关数据,示意如下
通过首页的检索按钮,可以根据基因或者细胞系进行检索,以TP53
为例,示意如下
检索结果包含以下几个部分
该部分用于比较基因对应的组学数据在不同细胞系间的分布,包含了以下几种
以mRNA的表达量为例,结果示意如下
该部分用散点图展示基因对应的组学数据,可以进行以下两种比较
以TP53
和ATL1
基因的mRNA表达谱为例,结果示意如下
这部分展示基因上的突变位点信息,示意如下
这部分展示该基因相关的融合基因/融合转录本信息,示意如下
这部分展示基因上的甲基化位点信息,结果示意如下
数据库中的完整数据可以从以下链接进行下载
https://portals.broadinstitute.org/ccle/data
和TCGA, ICGC等数据库类似,CCLE也是一个大型的,公开的肿瘤基因组数据库,可以基于该数据库中的数据进行深入挖掘。