CCLE:肿瘤细胞系百科全书

CCLE全称如下

Cancer Cell Line Encyclopedia

是由Broad Institute研究所牵头发起的一项肿瘤基因组学研究项目，收集整理了1000多个肿瘤细胞系的组学数据，包含了以下类别

1. CNV profiles
2. DNA fusion profiles
3. gene/miRNA Expression profiles
4. Mutation profiles
5. DNA methylation profiles
6. reverse phase protein array(RPPA) profiles

该数据库的网址如下

https://portals.broadinstitute.org/ccle

简单注册之后就可以查看其中的数据，最新版本共包含了1457个细胞系的相关数据，示意如下

通过首页的检索按钮，可以根据基因或者细胞系进行检索，以TP53为例，示意如下

检索结果包含以下几个部分

1. Distribution by Lineage

该部分用于比较基因对应的组学数据在不同细胞系间的分布，包含了以下几种

1. Achilles shRNA knockdown
2. Copy Number
3. DNA methylation (RRBS)
4. Protein Array (RPPA)
5. mRNA expression (Affy)
6. mRNA expression (RNAseq)

以mRNA的表达量为例，结果示意如下

2. Scatter Plots

该部分用散点图展示基因对应的组学数据，可以进行以下两种比较

1. 比较同一个基因两种组学数据的分布
2. 比较两个基因同一个组学数据的分布

以TP53和ATL1基因的mRNA表达谱为例，结果示意如下

3. Mutation Data

这部分展示基因上的突变位点信息，示意如下

4. Fusion/Translocation Data

这部分展示该基因相关的融合基因/融合转录本信息，示意如下

5. Cpg Methylation Viewer

这部分展示基因上的甲基化位点信息，结果示意如下

数据库中的完整数据可以从以下链接进行下载

https://portals.broadinstitute.org/ccle/data

和TCGA, ICGC等数据库类似，CCLE也是一个大型的，公开的肿瘤基因组数据库，可以基于该数据库中的数据进行深入挖掘。