DGVa是一个来自EBI的染色体结构变异数据库,通过文献整理和科研人员提交两种方式,存储了多个物种的染色体结构变异信息,网址如下
https://www.ebi.ac.uk/dgva
如下图所示
该数据库与NCBI的dbvar数据库是合作关系,二者会及时的进行数据交换。该数据库的信息可以通过EBI的基因组浏览器或者biomart系统进行查看,同时也提供了FTP下载功能。另外,该数据库中的部分信息也导入到了DGV数据库中。
和dbvar数据库一致,该数据库中的信息也分为了以下3个level
图示如下
通过Biomart可以灵活的查看和下载DGVa的数据,示意如下
官网也提供了以study为单位的下载功能,示意如下
DGva和dbvar的数据是同步的,只不过下载的文件格式不同,DGVa提供的是GCF格式,而dbvar则提供了CSV,TSV,VCF等多种格式。