Haplotype Reference Consortium:最大规模的单倍型数据库

在进行基因型填充时，reference panel的选择对填充结果的影响非常大，HapMap包含了3百多万个SNP位点，420个单倍型，1000G包含了8千多万个位点，5008个单倍型。除了这两个常用的reference panel外，还有很多大型的人类基因组测序项目，比如UK10K等等。reference panel包含的单倍型越多，填充的准确率越高，涵盖的SNP位点越多，填充后可以用于GWAS分析的位点就越多，可以更加有效的挖掘关联信号。

Haplotype Reference Consortium简称HRC, 整合了来自UK10K, 1000G等多个项目的结果，构建了一个包含3千多万个SNP位点，64976个单倍型的reference panel, 对应的文章发表在nature genetics上，链接如下

https://www.nature.com/articles/ng.3643

在文章中比较了不同reference panel对填充准确率的影响，结果如下

横坐标为study样本中不在reference panel中的SNP位点比例， 纵坐标为填充的准确率，可以看到HRC的填充准确率明显高于UK10K和1000G。另外，对于reference panel对于GWAS结果的影响也进行了比较，结果如下

展示的是14号染色体上的曼哈顿图，rs28929474是阳性结果，从左侧到右侧，分别对应hapmap, 1000G和HRC。使用HapMap填充，没有识别到该阳性位点，1000G和HRC都识别到了该阳性位点。

HRC官网链接如下

http://www.haplotype-reference-consortium.org/

包含的基因组测序项目如下

大部分为低深度全基因组测序的结果，共包含了32611个样本，遗憾的是，该数据库的信息并没有完全公开，目前只有通过两个在线网站，可以使用该数据库进行基因型填充，网址如下

https://imputation.sanger.ac.uk/ https://imputationserver.sph.umich.edu/

在EBI中，包含了该数据库的一个子集供下载，网址如下

https://www.ebi.ac.uk/ega/studies/EGAS00001001710

对于基因型填充而言，构建更大规模单倍型数据库是提高准确率的有效方法，采用HRC数据库，可以有效提供填充准确率。