使用Loupe Cell Browser查看10X单细胞转录组分析结果

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10X genomics公司不仅为单细胞转录组数据分析提供了配套的cell Ranger软件，同时也提供了专门的分析结果查看软件-Loupe Cell Browser，该软件是一个图形界面的软件，操作非常的方便，支持windows和mac两种操作系统，下载地址如下

https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/downloads/latest

安装好之后，双击启动，界面如下

在cell ranger软件的输出结果中，有一个名为cloupe.cloupe的文件，该文件就是用于输入到Loupe Cell Browser软件中的。

通过左上角的File->Open File， 或者Browser for a Loupe Cell Browser File菜单，导入对应的后缀cloupe的文件，导入成功后的页面如下

默认展示的是t-SNE降维后的2D-plot, 细胞的颜色根据Graph-Based聚类结果进行填充，对于聚类得到的cluster, 可以通过对应的单选框，来调节是否在图中显示该cluster对应的细胞，颜色也可以编辑，更换不同的颜色，通过三角形的下拉按钮，可以查看其它聚类的结果，比如K-means聚类的结果。

聚类的详细结果，即每个细胞对应的cluster编号，可以通过最右侧的按钮导出到文件中，结果为CSV格式，内容示意如下

中间的表格显示的是feature table, 即每个cluster下显著差异的基因列表，示意如下

默认显示下调的基因列表，可以通过选项进行设置，示意如下

同时还提供了hetamap的显示结果，示意如下

以上这些就是该软件的基本功能，相比网页的显示结果，该软件交互式更强，可以更加方便的探究数据，更多功能和用法请参考官方文档。

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