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点击鼠标即可完成GWAS meta分析,任何人都可以!

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生信修炼手册
发布2019-12-19 11:45:12
8860
发布2019-12-19 11:45:12
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MetaGenyo是一个GWAS meta分析的在线网站,通过该网站,只需上传指定格式的文件,然后鼠标点击就可以轻松实现meta分析,网址如下

http://bioinfo.genyo.es/metagenyo/

对应的数据格式图示如下

每个文件表示的是一个SNP位点在多个study中的研究结果,每一行为一个study。其中有6列是必须的,即case和control两组中不同基因型的频数,上图中SNP位点有3种基因型AA, AT, TT,表头的格式是固定,基因型+cases/controls, 其他列是自定义的。

用法简便,包含以下几步

1. 上传数据

通过Data input菜单上传数据,示例数据如下

上传完成后,可以在Your data菜单查看文件内容,确认没问题之后,点击Next就可以了。

2. Hardy-Weinberg table

对于上传的数据,会进行哈温平衡的检验,结果如下所示

3. Association values

对于原始的频数分布,先针对每个study的结果进行关联分析,然后对多个study的结果进行meta分析,在进行关联分析时,会有以下模型

  1. Allele contrast (A vs. T)
  2. Recessive model (AA vs. AT+TT)
  3. Dominant model (AA+AT vs. TT)
  4. Overdominant model (AT vs. AA+TT)
  5. AA vs. TT
  6. AA vs. AT
  7. AT vs. TT

每种模型的结果都会给出,以第一种模型为例,结果如下所示

4. Forest plots

对于每个模型的meta分析结果,提供了如下所示的森林图

利用该网站,可以方便的对多个case/control关联分析的结果进行meta分析,当然该网站也有一定的限制,很多时候我们收集到的结果已经是pvalue值了,并不会有原始的频数分布,这个时候就无法使用该网站进行分析。

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划,分享自微信公众号。
原始发表:2019-10-25,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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