GWAS ATLAS:最全面的GWAS数据库

GWAS ATLAS数据库收录了来自4756个人类不同表型的GWAS结果，并进行了不同表型间的遗传相关性分析，对应的文献发表在nature genetics上，链接如下

https://www.nature.com/articles/s41588-019-0481-0

数据库的网址如下

https://atlas.ctglab.nl/

该数据库不仅仅是一个gwas结果存储的数据库，对于收录的原始gwas结果，进行了深入挖掘，提供了risk loci, LDSC, MAGMA基因集关联分析，多种表型间的遗传相关性分析等结果。

分成了以下3大模块

1. Browse GWAS

查看gwas分析结果，包含了以下几点内容

1. manhattan plot
2. lead snp and risk loci
3. gene-based association results
4. SNP heritability and genetic correlations

GWAS分析最经典的展示结果就是曼哈顿图和QQ图了，示意如下

基于gwas结果，分析了lead snp和risk loci, 结果示意如下

利用MAGMA软件进行了基因集的关联分析，结果示意如下

利用LDSC分析，评估了表型对应的SNP遗传力，结果示意如下

2. Multiple GWAS comparison

用于比较多个gwas分析结果，有两种展示形式，第一种是多个因子的相关性分析，示意如下

上图展示的是risk loci个数和snp遗传力之间的相关性，每个点表示一个表型的gwas结果。

第二种是热图，示意如下

上图展示的是不同表型间遗传相似度的热图。

3. PheWAS

对于某个基因或者SNP位点，查看在不用表型中的关联分析结果，绘制如下所示的散点图

对应的表格数据如下

通过该数据库，不仅可以查看已有的gwas结果，更重要的是可以参考其后续挖掘的方法和思路。