怎么对一组SNP 数据进行统计（频率、哈温平衡检验）
怎么对一组SNP 数据进行统计（频率、哈温平衡检验）
邓飞
发布于 2019-12-19 14:38:56
发布于 2019-12-19 14:38:56
怎么对一组SNP 数据进行统计（频率、哈温平衡检验）
示例数据
1. 载入SNPassoc包
我们要用里面的函数进行计算。
library(SNPassoc)
如果没有安装SNPassoc，使用install.packages()进行安装。
2. 载入数据
data(SNPs)
查看SNPs的数据
SNPs[1:10,1:9]
id | casco | sex | blood.pre | protein | snp10001 | snp10002 | snp10003 | snp10004 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | 1 | Female | 13.7 | 75640.52 | TT | CC | GG | GG |
2 | 1 | Female | 12.7 | 28688.22 | TT | AC | GG | GG |
3 | 1 | Female | 12.9 | 17279.59 | TT | CC | GG | GG |
4 | 1 | Male | 14.6 | 27253.99 | CT | CC | GG | GG |
5 | 1 | Female | 13.4 | 38066.57 | TT | AC | GG | GG |
6 | 1 | Female | 11.3 | 9872.46 | TT | CC | GG | GG |
7 | 1 | Female | 11.9 | 11132.90 | TT | AC | GG | GG |
8 | 1 | Male | 12.4 | 29973.43 | TT | AC | GG | GG |
9 | 1 | Male | 14.5 | 31114.29 | CT | CC | GG | GG |
10 | 1 | Female | 12.2 | 41768.55 | TT | AC | GG | GG |
3. 如果我们想对SNP10001进行哈温检验
使用SNPassoc的summary函数, 会返回该SNP的汇总信息，里面包括哈温检验。
mysnp <- snp(SNPs$snp10001,sep="")
summary(mysnp)
Genotypes:
frequency percentage
T/T 92 58.598726
C/T 53 33.757962
C/C 12 7.643312
Alleles:
frequency percentage
T 237 75.47771
C 77 24.52229
HWE (p value): 0.2816392
可以看到，snp10001，T的频率是0.754，C的频率是0.245. 该位点的哈温平衡测试p值为0.28，说明该位点符合哈温平衡。
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原始发表：2019-12-08，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除
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