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LincSNP:lncRNA相关SNP位点数据库

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生信修炼手册
发布2019-12-19 14:44:17
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发布2019-12-19 14:44:17
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文章被收录于专栏:生信修炼手册

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lncRNA在疾病的发生与发展中发挥着重要作用,但是具体的角色是什么,就需要深入挖掘和探究。

在过去通过GWAS分析鉴定出了非常多的与疾病相关的SNP位点,最直接简单的分析当然是首选那些位于蛋白编码基因上的SNP位点,就像蛋白编码基因只占了基因总数的很小一部分一样,位于蛋白编码基因上的SNP位点也只占了所有SNP位点中很小一部分比例。

在剩余大部分SNP位点中,有一类位点引起了科学家的关注,那就是位于lncRNA相关的SNP位点。通过探究这些位于lncRNA基因上的SNP位点,为我们研究lncRNA在疾病中的角色和作用提供了打开了一个新的视角。

lncRNA相关的SNP位点包括以下两类

  1. 位于lncRNA基因区域的SNP位点
  2. 位于lncRNA基因转录因子结合区域的SNP位点

无论是直接位于lncRNA的基因上,还是位于调控该基因的转录因子结合位点,SNP位点的存在都对lncRNA的转录造成了一定的影响,通过SNP-lncRNA-disease的策略,来筛选相关的SNP位点来重点研究,基于这个思路,有很多已经发表的文献,有科研工作者收集整理这类文献,并将其中的信息做成了数据库,就是LincSNP,网址如下

http://210.46.80.146/lincsnp/index.html

目前版本为2.0,通过Linc-confirm菜单,可以发现文献中发表的与疾病相关的lncRNA SNP位点,示意如下

通过Linc-Score功能,可以检索特定lncRNA基因相关的疾病,示意如下

该数据库是免费下载,示意如下

该数据库以SNP位点为桥梁,建立起了lncRNA与疾病之间的关联,这个思路值得借鉴。

·end·

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原始发表:2019-01-06,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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