Lnc2Meth:与疾病相关的lncRNA上的甲基化位点

欢迎关注”生信修炼手册”!

DNA甲基化作为研究的最为广泛的一种表观遗传标记，其对基因表达的影响是研究的基本内容。随着lncRNA研究的发展，科学家将眼光放到了位于lncRNA基因上的DNA甲基化位点，通过lncRNA基因上的甲基化位点来找到疾病相关的lncRNA, 并探究lncRNA在疾病中的作用。

有学者收集类似的文献，并整理成了数据库Ln2Meth, 网址如下

http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/Lnc2Meth/index.jsp

该数据库提供了以下两种检索方式

1. Disease-Centric
2. Transcript-Centric

可以根据疾病或者lncRNA的名字进行检索，结果示意如下

对于甲基化位点，给出了在患者中的表达模式，包括以下几种

1. differential methylation
2. hypermethylation
3. hypomethylation
4. methylation
5. demethylation

对于DNA甲基化位点与lncRNA之间的关系，提出了以下3种模型

1. Cis-Methylated LncRNA(CML)

2. Trans-Methylation Due to LncRNAs(TMDL)

3. Trans-Methylation Regulated LncRNA(TMRL)

通过DMBrowser功能， 可以在基因组浏览器中查看lncRNA上的甲基化位点，示意如下

这个网站还提供了两个工具

1. Probe Re-annotation

对illumina 450K芯片的探针进行了重新注释，结果示意如下

给出了探针对应的lncRNA基因，并将探针对应的区域划分成成以下5种类型

1. TSS1500
2. TSS200
3. 1_exon
4. 5’UTR
5. 3’UTR

示意图如下

2. Differentail Methylation Patterns Identification

输入450k芯片的表达谱数据， 样本分组，感兴趣的lncRNA基因，该工具会进行差异分析，最终给出lncRNA对应的探针水平的差异分析结果，示意如下

与该在线工具对应的，还提供了一个R包LncDM, 实现了相同的功能, 具体的用法可以查看该包的帮助文档。

·end·

—如果喜欢，快分享给你的朋友们吧—

扫描关注微信号，更多精彩内容等着你！