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LncCeRbase:人类lncRNA相关ceRNA数据库

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生信修炼手册
发布2019-12-19 14:48:10
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发布2019-12-19 14:48:10
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lncRNA可以作为miRNA sponge与miRNA发生相互作用,通过竞争性的结合miRNA, 可以调控其他基因的表达量, 发挥ceRNA的调控功能。

随着ceRNA研究的不断进展,相关文献越来越多,LncCeRbase数据库收集整理已发表文献中人类相关的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA信息,网址如下

http://lnccerbase.it1004.com/front/

该数据库将ceRNA相关信息拆分成了以下4种类别

  1. MiRNA
  2. LncRNA
  3. Gene
  4. Disease

根据任意一种类别,都可以得到相关的ceRNA信息,示意如下

对于LncRNA, 提供了RNAcentral数据库的链接;对于miRNA, 提供了mirBase数据库的链接;对于Gene,提供了NCBI数据库的链接。

对于ceRNA,给出了文献的标题,对应的疾病或者组织,发表期刊,pubmed Id。

通过这个数据库,我们可以得到lncRNA相关的ceRNA信息,既可以作为前期研究的一个调研,也可以通过别人发表的ceRNA文献,参考其中分析ceRNA的思路和策略。

·end·

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