前往小程序,Get更优阅读体验!
立即前往
首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
社区首页 >专栏 >LncRNA2Target:lncRNA靶基因数据库

LncRNA2Target:lncRNA靶基因数据库

作者头像
生信修炼手册
发布2019-12-19 14:49:51
9950
发布2019-12-19 14:49:51
举报
文章被收录于专栏:生信修炼手册

欢迎关注”生信修炼手册”!

lncRNA在基因表达调控中发挥重要作用,研究lncRNA调控的靶基因,有两种研究策略,一种是通过传统的实验手段分析lncRNA结合的蛋白质,从而确定lncRNA与蛋白编码基因的相互作用,常用的手段有以下几种

  1. immunoprecipitation assays
  2. RNA pull down assays
  3. luciferase reported assays

另外一种手段就是通过敲低或者过表达某个lncRNA, 然后检测处理前后差异表达的基因,将差异表达的基因作为该lncRNA的靶基因, 通过芯片或者高通量测序都可以。

LncRNA2Target数据库收集整理了已经发表的lncRNA靶基因数据,最新版本为v2.0, 网址如下

http://123.59.132.21/lncrna2target/index.jsp

涵盖了人和小鼠中的lncRNA靶基因,通过Browse菜单,可以查看对应的结果,示意如下

通过Search菜单,可以方便的检索数据库,示意如下

该数据库提供了下载功能,分别提供了传统实验和高通量两种手段分析的lncRNA靶基因文件,对应以下 两个文件

  1. lncRNA_target_from_low_throughput_experiments.xlsx
  2. lncRNA_target_from_high_throughput_experiments.txt

对于高通量数据,还给出了对应的GEO编号,表达谱数据和差异分析的结果,示意如下

通过该数据库,不仅可以查询lncRNA的靶基因信息,还学到了研究lncRNA靶基因的思路。

·end·

—如果喜欢,快分享给你的朋友们吧—

扫描关注微信号,更多精彩内容等着你!

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划,分享自微信公众号。
原始发表:2019-01-19,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

本文分享自 生信修炼手册 微信公众号,前往查看

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划  ,欢迎热爱写作的你一起参与!

评论
登录后参与评论
0 条评论
热度
最新
推荐阅读
相关产品与服务
数据库
云数据库为企业提供了完善的关系型数据库、非关系型数据库、分析型数据库和数据库生态工具。您可以通过产品选择和组合搭建,轻松实现高可靠、高可用性、高性能等数据库需求。云数据库服务也可大幅减少您的运维工作量,更专注于业务发展,让企业一站式享受数据上云及分布式架构的技术红利!
领券
问题归档专栏文章快讯文章归档关键词归档开发者手册归档开发者手册 Section 归档