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dbDEMC:肿瘤中差异表达的miRNA数据库

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生信修炼手册
发布2019-12-19 14:50:05
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发布2019-12-19 14:50:05
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为了探究miRNA在肿瘤发生与发展中的角色,有过去的几十年间,有很多的文章和数据陆续发表,通过整合公开发表的数据,dbDEMC的开发团队提供了一个在线网站,可以方便的查询在某种肿瘤中特定miRNA的表达趋势,网址如下

http://www.picb.ac.cn/dbDEMC/

该数据库目前收录了2224个miRNA, 36种肿瘤,73种肿瘤亚型,209个miRNA在肿瘤中的表达谱数据,示意如下

其中乳腺癌的相关记录是最多的,各个肿瘤比例如下图所示

通过Search功能,可以针对特定的miRNA进行检索,只需要输入miRNA的ID即可,检索框示意如下

检索结果如下所示,给出了相关的GEO编号,肿瘤类型,细胞系,上下调趋势等信息

通过Browse功能,可以通过肿瘤类型浏览相关记录,示意如下

结果以Experiment为单位进行展示,示意如下

勾选最后一列的单选框,通过View miRNAs按钮,可以查看具体的miRNA列表。

通过meta-profiling功能,可以查看miRNA在特定实验中的表达谱数据,结果以热图进行展示,示意如下

通过该数据库,可以方便的检索已有的miRNA在肿瘤领域的相关研究,不论是前期调研,还是后期根据自己的数据进行验证,都非常的有用。

·end·

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原始发表:2019-01-20,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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