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lncRNome:综合性的人类lncRNA数据库

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生信修炼手册
发布2019-12-19 14:50:23
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发布2019-12-19 14:50:23
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lncRNome是一个综合性的人类lncRNA数据库,中收录了超过17000个lncRNA,网址如下

http://genome.igib.res.in/lncRNome/

在该数据库中,提供了以下几种lncRNA的信息

  1. 染色体位置
  2. 基因类型
  3. 功能描述
  4. 相关疾病

除此之外,利用多组学分析,还提供了以下两种信息

  1. lncRNA相互作用的蛋白
  2. lncRNA上的SNP位点
  3. lncRNA上的甲基化位点/组蛋白修饰区域

官网提供了多种检索方式,可以通过lncRNA Id, 染色体编号,基因类型等方式进行检索,示意如下

HOTAIR为例,检索结果包含以下信息

1. 基本信息

这部分包含了lncRNA的name, 类型,染色体定位,长度,相关疾病,文献等信息,示意如下

2. 序列和二级结构

lncRNA的序列来自UCSC,二级结构采用RNAfold软件预测得到,示意如下

3. 与蛋白质的相互作用
4. 位于lncRNA区域的SNP位点
5. 相关的表观修饰

包含了甲基化和组蛋白修饰信息,示意如下

该数据库是免费下载的,可以下载以下数据

·end·

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原始发表:2019-01-21,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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  • 1. 基本信息
  • 2. 序列和二级结构
  • 3. 与蛋白质的相互作用
  • 4. 位于lncRNA区域的SNP位点
  • 5. 相关的表观修饰
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